Иерархическое глубокое исследование с локальным–веб RAG: к автоматизированному системному поиску материалов
Аннотация
Мы представляем долгосрочный, иерархический агент глубокого исследования (DR), предназначенный для задач поиска сложных материалов и устройств, которые выходят за рамки существующих суррогатов Машинного обучения (ML) и закрытых коммерческих агентов. Наша система разворачивает локально размещаемый экземпляр DR, который объединяет локально выполняемую генерацию с извлечением из данных (retrieval-augmented generation) с рассуждающими модулями на основе больших языковых моделей, усиленными механизмом «Дерево глубоких исследований» (Deep Tree of Research, DToR), который адаптивно расширяет и обрезает ветви исследования для максимизации покрытия, глубины и связности. Мы систематически оцениваем по 27 темам наноматериалов/устройств, используя рубрику «LLM-as-judge» с большой языковой моделью в роли судьи и пять веб-ориентированных моделей современного уровня в роли присяжных. Кроме того, мы проводим валидацию на «сухой лаборатории» для пяти репрезентативных задач, где эксперты-люди используют моделирование предметной области (например, теория функционала плотности, DFT) для проверки того, являются ли предложения агента DR осуществимыми. Результаты показывают, что наш агент DR создает отчеты по качеству, сопоставимому с — и часто превосходящему — отчеты коммерческих систем (ChatGPT-5-thinking/o3/o4-mini-high Deep Research), при существенно более низкой стоимости, обеспечивая при этом интеграцию on-prem с локальными данными и инструментами.
Ключевые слова: deep research, hierarchical reasoning, materials discovery, retrieval-augmented generation, large language models, computational materials science, autonomous agents
1 Введение
Машинное обучение (ML) для поиска наноматериалов и устройств продвинулось от разрешимых предсказаний для отдельных объектов к все более сложным задачам уровня системы. На молекулярном или кристаллическом уровне (S1) современные суррогатные модели рутинно предсказывают собственные свойства [xie2018cgcnn]. Небольшие сборки (S2) — интерфейсы, гетероструктуры или простые устройства из 2–3 компонентов — вводят эффекты связи, но при этом остаются управляемыми. Однако реальные нано-устройства работают в масштабе системы (S3): многослойные перевскитные стеки с взаимозависимыми слоями, катализаторы «ядро–оболочка» с легированием и спроектированными интерфейсами, или нано-архитектурированные электроды батарей, где перенос в масштабе длин определяет характеристики [severson2019cyclelife]. Предельная задача заключается во взаимной интеграции между областями (S4): платформы, которые охватывают семейства материалов, различные химические системы распознавания и модальности преобразования — например, проектирование сенсоров на основе полевого транзистора (FET) на 2D-материалах с функционализацией через аптамеры для обнаружения в окружающей среде [szymanski2023alab, wang2022aptamer_gfet].
Выполнение этого расширения в рамках области требует соответствующего расширения в глубину. Мы определяем глубину от одноходового прогнозирования/предварительного отбора (D1) до многостадийных конвейеров со структурированными выходами (D2), затем до синтеза с дальним горизонтом и итеративным планированием (D3), и, наконец, до иерархического исследования с балансом широты–глубины (D4). Хотя недавние агентные фреймворки успешно продемонстрировали иерархическую оркестрацию для сложных научных рабочих процессов [gottweis2025towards, ghafarollahi2025sciagents, zou2025elagente], обеспечение надежного выполнения и управления моделированием, оптимизацией и проектированием на уровне устройств/системы (S3–S4) представляет собой отдельную задачу. У регулирующих законов для интеграции устройств нет полного кодирования в стандартных пакетах моделирования, что требует дальнегоризонтного иерархического автономного обнаружения (D3–D4) с возможностью обхода комбинаторного взрыва параметров обработки, которые разреженно распределены по неоднородным источникам знаний. Существующие подходы обычно сталкиваются с ограничениями в этом режиме неструктурированных знаний [montoya2020camd, merchant2023gnome, chanussot2021oc20, levine2025omol25] (Подробно в Приложении A).
Для устранения этого пробела мы представляем иерархического агента deep-research (DR)111Мы используем Deep Research (DR) для обозначения однопоточного итеративного цикла извлечение–рассуждение–написание, выполняемого одним агентом. Deep Tree of Research (DToR) обозначает древовидную оркестрацию, которая порождает и выбирает среди нескольких ветвей DR с иерархическим планированием и слиянием. На протяжении всего текста «иерархическое deep research» является синонимом DToR; далее ради ясности мы будем использовать только DR и DToR. предназначенного для научных исследований на больших горизонтах. Получив запрос на естественном языке, система создает локально разворачиваемый экземпляр DR, который итеративно чередует локальное и веб-извлечение с дополненной генерацией (RAG) и рассуждениями с помощью large language model (LLM) (суммаризаторы, рефлекторы). Далее мы расширяем экземпляр DR в Deep Tree of Research (DToR), где каждый экземпляр рассматривается как узел в древовидном рабочем процессе. DToR адаптивно расширяет/сокращает ветви, чтобы улучшить охват, глубину и согласованность. Агент самонаправляемый/навигационный (планирует собственный путь исследования), работает локально для управляемости и конфиденциальности и ориентируется на гипотезы S3–S4. Если кратко, наша цель — измерять качество синтеза с помощью программного оценочного стенда (привязанная рубрика, предпочтения A/B) плюс проверки в режиме «сухой лаборатории». Затем мы показываем, что оркестрация посредством DToR последовательно улучшает качество синтеза по сравнению с одиночным экземпляром DR на различных архитектурах модели и бюджетах локальных корпусов при сопоставимых вычислениях.
Вклад. (1) Демократизированная, допускающая локальное развертывание платформа для научных глубоких исследований, позволяющая исследователям материалов осуществлять детальный контроль над стоимостью и предпочтениями с использованием открытых LLM при достижении производительности, превосходящей коммерческие решения современного уровня в большинстве случаев (§3). (2) Иерархическая оркестрация (DToR), обеспечивающая устойчивые выигрыши по сравнению с одиночной DR для различных LLM-«костяков» и локальных бюджетов данных, поддерживаемая исчерпывающими факторными и целевыми абляциями компонентов. (3) Программа оценки, объединяющая привязанные к шкале баллы, повторяющиеся очные A/B-состязания и валидацию в «сухой лаборатории», чтобы оценивать качество синтеза.
1.1 Сопутствующие работы
Недавние работы по структурированному рассуждению для LLM перешли от линейного подсказочного подхода к явным структурам поиска. Tree-of-Thoughts (ToT) рассматривает вывод как ветвящийся поиск по промежуточным «thoughts», а Graph-of-Thoughts (GoT) обобщает это на произвольные графы, чтобы моделировать нелинейные зависимости и координацию подзадач [yao2023tree, besta2024graph, yao2024effectivegot]. Параллельно парадигмы «рассуждай–действуй» и самоулучшения — ReAct, Reflexion и Self-Refine — дают сильные базовые решения для многошагового принятия решений и доработки ([yao2022react, shinn2023reflexion, madaan2023selfrefine]). Базовые среды/наборы для веб-агентов — BrowseComp, WebLINX, WebArena и BrowserGym — формализуют компетенции просмотра/навигации и поддерживают воспроизводимую оценку [wei2025browsecomp, pan2024weblinx, zhou2023webarena, lesellier2024browsergym]. Работа над извлечением также движется к более адаптивным стратегиям: Self-RAG [asai2024selfrag] учит, когда выполнять извлечение и критиковать выходные данные, CRAG [yan2024crag] оценивает качество извлечения и переключается на web search, когда доказательств недостаточно, а GraphRAG [peng2024graphragsurvey] использует графовую структуру знаний для нефлаткого извлечения. Несмотря на этот прогресс, не существует фреймворка, который объединял бы структурное ветвление и адаптивное извлечение таким образом, чтобы это масштабировалось в рамках практических ограничений вычислений и данных для предметно-ориентированных исследовательских сценариев.
2 Метод
D4 требует структурированного планирования с учетом бюджета сверх краткосрочных запросов. Мы представляем DToR — контроллер «шире затем глубже» для DR, который начинается с нескольких параллельных перспектив, избирательно расширяет или сокращает их на основе явных проверок пробелов, выполняет шаги исследования, ориентированные на доказательства (локальный RAG с адаптированным веб-поиском), и формирует отчеты, опирающиеся на источники.
2.1 Одиночный экземпляр DR
Как показано на рис. S1222, дополнительные иллюстрации (S1–S13), на которых представлены подробные экспериментальные результаты и дополнительные анализы, приведены в приложении B. (с сопоставлением с обычным стандартным DR-агентом [langchain2025localdeepresearcher]) каждый экземпляр DR представляет собой петлю, ориентированную на доказательства, которая (1) генерирует поисковый запрос; (2) выполняет локальный RAG; (3) обобщает локальные доказательства; (4) генерирует дополнительный запрос для обеспечения тематического разнообразия; (5) проводит веб-исследование для обоих запросов; (6) интегрирует/обновляет ранее извлечённые сегменты в текущем резюме; (7) рефлексирует, чтобы предложить последующий запрос. Процесс будет повторяться до достижения заданного максимального числа раундов перед (8) окончательным завершением. Три проектных решения отличают этот экземпляр от обычных локальных DR-агентов[langchain2025localdeepresearcher], которые выполняют только (1)-(5)-(6)-(7): локально-ориентированное извлечение (до веба) для уменьшения дрейфа, галлюцинаций и поверхностных доменных априорных представлений; генерацию запросов с учётом разнообразия (локальное резюме, полученное для дополнительного запроса) для гарантии полноты; и надёжную дисциплину I/O, чтобы предотвратить зависания контроллера на локально размещённых LLM. По сравнению с классическими линейными циклами в стиле ReAct/Reflexion, этот экземпляр добавляет явный механизм широты и политику эскалации, подобную adaptive/corrective-RAG, оставаясь при этом совместимым с модульной альтернативой RAG-методам.
2.2 DToR: от перспектив к расширению, движимому выявлением пробелов
На основе одного экземпляра DR мы рассматриваем каждый экземпляр DR как узел исследования (RN) внутри контроллера branch-and-bound (рис. 1). Начиная с пользовательского запроса, диверсификатор предлагает несколько ортогональных перспектив (P1, P2…), — каждая из которых закладывает одну ветвь с заданным бюджетом: максимальная глубина, узлы на ветвь и общее число ветвей. Для активной ветви маршрутизатор (i) запускает следующий ожидающий RN (единственный экземпляр DR), формируя сводку RN; (ii) вызывает аналитика на основе оставшихся глубины/бюджета/текущего качества отчёта RN, чтобы принять решение EXPAND, PRUNE; и, если EXPAND при наличии остатка бюджета, (iii) вызывает explorer разрыков знаний, чтобы материализовать новые RNs из этого RN, ориентированные на эти разрывы (depth+1), и обновляет оставшийся бюджет. Ветви, которые застаиваются, отсекаются; (iv) ветви, достигшие глубины или сходящиеся, синтезируются в отчёт о перспективе. Когда все ветви достигают синтеза, итоговый синтезатор согласует доказательства между ветвями, разрешает конфликты и выводит сводный отчёт с богатой провенанс-информацией. Концептуально это дерево поиска по состояниям (query, evidence, summary), а не по чисто символическим «мыслям», наследующее преимущества структурированного исследования с возвратом из рассуждений на основе деревьев/графов, при этом оставаясь адаптированным к поиску информации и точности ссылок при явно заданных бюджетах ресурсов.
3 Эксперименты
3.1 Экспериментальная установка
Мы оцениваем по 27 темам, созданным экспертами, охватывающим материалы и устройства (например, зонды с полии- и перфторалкильными веществами (PFAS) FET, обнаружение CO2 в 2D-материалах, мембраны, селективные к Li/Na, катализаторы восстановления CO2); полные текстовые запросы по темам приведены в Приложении C. Для каждой темы мы рассматриваем 41 агента — 11 коммерческих и 30 локальных (разделены поровну между single DR-instance и DToR-mode) — на потребительском уровне аппаратного обеспечения. Мы оцениваем локальных агентов на разных базовых LLM (gpt-oss120B, gpt-oss20B, QwQ32B) и при разных локальных бюджетах RAG (local0/local100/local500), сохраняя неизменной оркестрацию и варьируя только базовую модель и размер корпуса; полные конфигурации агентов приведены в Приложении D. Используя протокол LLM-as-judge (Приложение E), мы генерируем 41 различный вариант отчёта для каждой темы и используем пять судей SOTA с доступом к веб-данным — Claude 4 Opus (thinking), Gemini 2.5 Pro, Grok-3 (thinking), ChatGPT-o3 и ChatGPT-o4-mini-high — которые оценивают каждый отчёт по фиксированной, двойной слепой рубрике (судьи не знают идентичности агентов) по пяти измерениям с равным весом — (1) релевантность, (2) глубина, (3) ясность, (4) применимость и (5) новизна, — краткие определения которых приведены в Приложении E.
Представление судьи и анонимизация: судьи на базе LLM видят только итоговый текст отчета — без идентификаторов агента/модели, журналов инструментов или метаданных по токенам/количествам — и присваивают числовые оценки по пяти закрепленным измерениям (релевантность, глубина/строгость, ясность/воспроизводимость, применимость, новизна) в рамках фиксированной инструкции «действовать как опытный материаловед» (Приложение E). Рубрика включает положительные/отрицательные примеры по каждому измерению; нерешенные противоречия или неспособность примирить конфликты между локальными и веб-данными наказываются по Глубине/Строгости и Ясности/Воспроизводимости, тогда как отчеты, которые явно сравнивают источники и обосновывают разрешение, поощряются. Доступ к локальному и веб-контекстам контролируется во время генерации (агенты работают в режиме только локально или с включенным веб-доступом), тогда как судьи никогда не видят эти контексты — только синтезированный отчет, — поэтому оценивание нацелено на качество синтеза/рассуждений, а не на доступ к извлечению. Судьи выставляют значения 0–10 по каждому измерению с односентенциальными обоснованиями; числовые рейтинги извлекаются детерминированным парсером. Мы повторяем оценивание три раза для каждой комбинации тема–отчет–судья, получая оценок согласно рубрике. Согласованность между судьями (корреляция Пирсона по оценкам и ранговая корреляция Спирмена) остается высокой по всем измерениям.
Затем мы запускаем A/В дуэльные предпочтения, используя ту же настройку. Для каждой темы мы формируем три пула: commercial, local gpt-oss и local non-gpt-oss. В каждом пуле мы ранжируем отчеты по среднему значению по рубрике и выбираем верхние 3; получившиеся 9 отчетов затем участвуют во всех попарных дуэлях ( пар на тему). Дуэли являются двойным слепым экспериментом и с рандомизированным порядком, с опорой на краткий промпт «опытный материаловед», подчеркивающий ясность, приоритизацию пробелов и выполнимые следующие шаги. Каждая дуэль повторяется три раза, в результате чего получается испытаний и индивидуальных решений судей.
Наконец, мы проводим валидацию в «сухой лаборатории» на пяти репрезентативных задачах — зонд для сенсора PFAS, катализаторы деградации PFAS, выбор связующего для батареи, стабильность катализатора реакции выделения кислорода (OER) и зонд сенсора CO2 — отправляя обезличенные отчёты best-local и best-commercial экспертам в предметной области, которые извлекают кандидатов и создают среды для моделирования (Приложение LABEL:app:dry_lab_details). Мы оцениваем по десять метрик моделирования для каждой задачи по протоколам, принятым в предметной области (например, явнополяризационное ab initio молекулярноe моделирование динамики в растворителе, AIMD, когда это необходимо), и агрегируем показатели по каждой задаче и в целом; полные настройки моделирования и определения метрик приведены в Приложение LABEL:app:dry_lab_details. Мы также выполняем полнофакторное аблирование по Метод , LLM backbone , локальному бюджету на корпус (27 тем, 41 агент), чтобы выделить основные эффекты и взаимодействия (Рис. 2b), и проводим целевые компонентные аблирования для лучшей по эффективности конфигурации по трём репрезентативным темам, чтобы дополнительно разложить вклад оркестрации (Приложение LABEL:app:additional_ablation). Чтобы охарактеризовать сам бенчмарк, мы вычисляем сложность по каждой теме (средняя производительность по агентам) и различительную способность (стандартное отклонение оценок агентов), выявляя, какие темы лучше всего разделяют сильные и слабые системы; полный анализ на уровне тем приведён в Приложение LABEL:app:topic_analysis. Все запуски выполнялись на рабочей станции с 4NVIDIA RTX A5500 (Ubuntu); статистика времени завершения и оценки энергопотребления указаны в Приложение LABEL:app:power_estimation. Исходный код фреймворка DToR публично доступен по адресу https://github.com/ruiding-uchicago/DToR_deep_research.
3.2 Экспериментальные результаты
По всем пяти измерениям LLM-as-judge по 27 темам 41 агент (Рис. 2a), DToR_gpt-oss120B_local500 (при запуске DToR с gpt-oss120B и всеми 500 томами локального корпуса для RAG; подробности см. в Приложении D) достигает среднего балла 8.57/10, занимая 1-е место в целом. Когда бюджет локального RAG уменьшается до local100 и local0, оценки остаются 8.53/10 и 8.37/10, при этом оба результата по-прежнему входят в топ-3. Даже без контроллера DToR (то есть при использовании одной DR-инстанции) gpt-oss120B достигает 8.33/10 (local100) и 8.32/10 (local500), занимая 4-е и 5-е места. В тех же условиях с gpt-oss20B DToR обеспечивает 8.15/10, 8.12/10 и 8.08/10 для local500/local100/local0 соответственно. Все перечисленные выше варианты превосходят коммерческие базовые уровни, включая ChatGPT-o4-mini-high (7.96/10), ChatGPT-o3 (7.95/10) и ChatGPT-5-thinking (7.85/10), а также другие широко используемые системы, такие как Gemini 2.5 Pro (7.81/10), Claude Opus 4 (7.78/10), Grok 3 (7.51/10) и Perplexity (7.51/10). Примечательно, что DToR_QwQ32B_local500, использующий совместимый с ноутбуком легковесный LLM, также достигает 7.80/10, опережая примерно половину коммерческих систем.
Более пристальный взгляд на пять измерений (рис. S2) показывает, что наиболее сложными являются ясность и глубина: у них самые низкие средние значения и наибольшая дисперсия. Тем не менее DToR обеспечивает наибольшие приросты по сравнению с одной-DR-экземплярной установкой именно по этим двум измерениям, со средними улучшениями +0.69 и +0.72 соответственно. Исключая релевантность, которая демонстрирует эффект насыщения и, таким образом, ограниченную разделимость, DToR дает четкие улучшения по оставшимся четырем измерениям. Например, по новизне и применимости DToR улучшает Single_gpt-oss120B_local500 в среднем на +0.43 и +0.42 балла, выводя его выше ведущего коммерческого базового уровня. Согласованность между оценщиками среди пяти LLM-критиков была высокой: средняя корреляция Pearson по исходным оценкам и Spearman по порядковым рангам (рис. S3).
Надежность дополнительно поддерживается согласованностью, специфичной для агентов, а также согласованностью между испытаниями (Рисунок S4, Рисунок S5). С точки зрения исследования методом исключения (Рисунок 2b) включение локального RAG (7.21/10) и особенно режима DToR (7.32/10) повышает средний балл. Для всех 27 тем и 41 агента анализ по факторному плану локального бюджета корпуса Метод Основа показывает, что доминирующий эффект — оркестрация: DToR стабильно превосходит одиночный вариант DR после появления заметного локального корпуса (local100/local500), тогда как при local0 разрыв сокращается, и сильная основа (gpt-oss120B) может его компенсировать. Чтобы дальше изолировать компоненты оркестрации, мы выполнили целевые абляции компонентов для наилучшей конфигурации (DToR_gpt-oss120B_local500) на трех репрезентативных темах: систематическое ухудшение глубины дерева (32 перспективы), циклы отражения (30 итераций) и количество извлечений (51 статья на запрос) все снижают качество; при этом отражение оказывается наиболее критичным; удаление веб-поиска (только локальные или только LLM режимы) также ухудшает качество, подтверждая, что дополнение из-за разрыва, инициируемого наличием запроса, с веб-ресурсами добавляет ценность; воспроизведение той же оркестрации с API-моделями (gpt-5-mini/nano) сохраняет относительные соотношения, но при существенно более высокой стоимости (Рисунок S6, Рисунок S7, Рисунок S8; полные детали в Приложении LABEL:app:additional_ablation). Анализ по темам выявляет четкий спектр сложности: задачи обнаружения/характеризации (in-situ TEM, напечатанные массивы FET) являются самыми простыми, тогда как темы электрохимии батарей (ионы лития: LIB связующие, фторэфирные анионные рецепторы) — самыми сложными; дискриминационная способность показывает, что темы экологического зондирования (обнаружение микропластиков, антибиотиков) слабо разделяют агентов (), тогда как задачи синтеза батарей/материалов (LIB фторэфирный рецептор, рост алмаза при атмосферном давлении) резко различают сильные и слабые системы (). Примечательно, что сложность темы и дискриминация развязаны: LIB_Fluoroether_Anion_Receptor демонстрирует и наивысшую сложность (), и наибольшую дискриминацию (), резко разделяя сильных и слабых агентов; напротив, Microplastics_Sensing_2D показывает наименьшую дискриминацию () при средней сложности (); Catalytic_Mineralization_of_Microplastics сравнительно легко (), но все же хорошо дискриминирует (), тогда как Wastewater_Resource_Recovery_Cats трудна (), но обеспечивает слабое разделение (). Критически важно, что агенты DToR сохраняют устойчивые преимущества по производительности и на темах с высокой-, и на темах с низкой- сложностью, подтверждая, что выигрыши от оркестрации надежны к характеристикам тем и не являются артефактами, связанными с конкретными подсказками; полный перечень рангов сложности по темам и анализ дискриминации приведены в Приложении LABEL:app:topic_analysis.
Чтобы снизить возможную предвзятость, присущую числовому выставлению оценок по рубрике, мы дополнительно дополняем эти результаты попарным состязанием — сопоставлением бок о бок, которое напрямую выявляет предпочтения у LLM-судей, не навязывая жесткую числовую шкалу. Попарное состязание (Fig. 3) подтверждает эти результаты по всем 27 темам (Fig. S9) при высокой экспериментальной согласованности (Fig. S10): (1) агенты DToR демонстрируют более высокий средний процент побед (58,6%) по сравнению с Single DR агентами (52,8%) в прямых встречах; (2) DToR_gpt-oss120B_local500 достигает впечатляющего среднего процента побед 79%; (3) ведомые gpt-oss агенты DToR и Single демонстрируют сопоставимо высокие проценты побед выше 74%, что указывает на явное преимущество. Эти результаты дополнительно подтверждают предыдущие выводы, полученные по числовому выставлению оценок по рубрике: наши локально размещенные агенты DToR формируют превосходные DR-отчеты.
При валидации в dry-lab, охватывающей 10 метрик на пяти сценариях применения (рис. 4), мы всесторонне валидируем по доменным бенчмаркам с DFT и явным-solvent AIMD, оценивая каждую задачу относительно хорошо известного базового уровня, нормированного до 100. Задачи и метрики: (i) связывание сенсором PFAS — статические-DFT энергии связывания для PFAS против интерферентов и явные-solvent разности потенциальной энергии конечного состояния по данным короткого AIMD, при этом селективность оценивается как (PFAS минус интерферент) и привязывается к -циклодекстрину[wang2024reversible] (Score=100); (ii) каталитическая деградация PFAS — энергии диссоциации связи C–F по данным ограниченных сканов и прокси для устойчивости связывания в растворителе, нормированные к Ti4O7 (Magnéli)[lin2018ti4o7] как доменный бенчмарк (100); (iii) адгезия связующего для батарей (на NCM811) — нормированная по площади (static DFT, площадь контакта через атомы в выпуклой оболочке в пределах 3.5 Å) и разность конечного состояния (gap) в явном-solvent (AIMD), чтобы учесть конкуренцию с электролитом, привязанную к поливинилиденфториду (PVDF)[zhong2021pvdf] (100); (iv) устойчивость катализатора OER — потенциал растворения (тенденция к вымыванию металла из поверхности) и энергия образования кислородной вакансии (устойчивость кристаллической решетки), нормированные к IrO2[ding2025oermulti] (100); и (v) связывание CO2-сенсором — статические-DFT энергии связывания, отобранные по сетке для кандидатных поверхностей, линейно преобразованные и привязанные к g-C3N4[karthik2023gc3n4co2] (100). В этих пяти применениях мы наблюдаем четыре события 100 по всем метрикам (то есть каждая метрика для задачи превосходит свой базовый уровень): commercial once на CO2 sensor; local DR (non-gpt-oss) дважды на CO2 sensor и battery binder; и local DR (gpt-oss) один раз на PFAS degradation. В таких случаях кандидаты, предложенные DR, указывают на конкретные, проверяемые улучшения по сравнению с доменными базовыми уровнями с точки зрения качественных испытаний в dry lab: для CO2-сенсинга — более сильная и более равномерная адсорбция по сравнению с g-C3N4 (снижение разброса между участками); для связующих батарей — более высокая адгезия, нормированная по площади, чем у PVDF в сухих интерфейсах, и конкурентоспособная работа в явном электролите; и для деградации PFAS — более низкие энергии диссоциации C–F относительно Ti4O7 при сохранении достаточной устойчивости адсорбции. Отметим, что явным-solvent AIMD часто переставляет статические-DFT рейтинги, выявляя кандидатов, которые выглядят многообещающе в вакууме, но теряют позиции при включении сольватации/конкуренции — эффект, который мы количественно оцениваем на панелях AIMD-оценки. Агент local DR на основе gpt-oss лидирует по 7 из 10 метрик при оценке по усреднениям по метрикам и также достигает более высокой общей оценки, агрегируя по метрикам (98.7). Связанные подробности доступны в Appendix LABEL:app:dry_lab_details.
Хотя имитационные симуляции в «сухой лаборатории» обеспечивают первоначальный отбор, более внимательное рассмотрение кандидатов, предложенных агентами DR, выявляет разрыв в реализуемости при текущей оркестрации LLM–RAG (Fig. 5). В обнаружении PFAS агенты успешно выявили рациональные конструкции, такие как B1 и A1, однако агент DToR также сгенерировал «все-в-одном» сбои наподобие C3, в которых объединены четыре взаимно несовместимые фазы (гидрофобный фторсилан, гидрофильный MXene, наночастицы Ag, кислотный PEDOT:PSS). На практике синтез такой сложной системы был бы невыполним, потому что агенты игнорировали вероятные коллоидные несовместимости (например, фазовое разделение и кислотное травление), которые сделали бы устройство химически нестабильным[cameron2020pedotpss, kumar2023mxenestability]. Аналогично, для деградации PFAS экономически эффективные и химически устойчивые кандидаты вроде C4 и A3 противопоставляются C5 — тройной гетероструктуре (MXene/g-C3N4/Al2O3), которая пренебрегает потенциальными проблемами межфазного сопротивления переносу заряда и сложностью изготовления[mandari2025gcn_mxene_review, bagnall2025al2o3_stability]. Эти чрезмерно усложненные сбои проистекают из фундаментального ограничения текущих архитектур агентов: без встроенных априорных оценок осуществимости «в мокрой лаборатории», моделей стоимости или внешних валидаторов физики LLM склонны к «галлюцинациям обратного проектирования» [miret2025llms_materials_discovery, kalai2025hallucinate], которые предполагают функциональную аддитивность там, где существует физическая несовместимость. Это подчеркивает, что будущие фреймворки AI4Science должны интегрировать специализированные модули валидатора предметной области (например, ReAct-циклы, учитывающие синтез), чтобы обосновывать теоретическую генерацию экспериментальной реальностью333Расширенное обсуждение с дополнительными ссылками доступно в Приложении LABEL:candidate_feasibility_discussions..
Все временные показатели отражают однопроцессорную настройку с последовательным планированием работы агентов (методика оценки энергии в Приложении LABEL:app:power_estimation); в этой контролируемой конфигурации DToR с gpt-oss120B в среднем составляет 19.6 ч (Рис. 6, Рис. S11). Это следует рассматривать как верхнюю оценку затрат на оркестрацию, а не как требование к качеству: профиль с низкими ресурсами, который отключает локальный-corpus RAG, завершает работу за ч (запуск на ночь), а конвейер DR с одной инстанцией и gpt-oss120B обычно завершается в течение 30 мин — на сопоставимом уровне с коммерческими решениями, при этом, как показано ранее, с более высокими баллами по рубрикам и duel. В целом наши выигрыши обусловлены оркестрацией и охватом информации, а не «наращиванием числа моделей»: пользователи могут явно настроить либо качество (DToR + corpus), либо стоимость/задержку (DR/no-RAG) в зависимости от доступных ресурсов. При отсутствии высоких подписочных плат (Рис. S12) для коммерческих решений эта схема обеспечивает гибверное развертывание — от легких ноутбуков до многонодных кластеров444ветви DToR могут выполняться параллельно; см. https://github.com/ruiding-uchicago/DToR_deep_research для деталей реализации., обеспечивая демократизированный, прозрачный и открытый доступ к продвинутым исследовательским агентам, адаптируемым к различным вычислительным бюджетам исследователей материалов.
4 Заключение
Мы представили DToR — локально разворачиваемый агент для DR, с контроллером дерева с ограниченными ресурсами, который объединяет локально-первый RAG, генерацию запросов с учетом разнообразия и ветвление, движимое пробелами, в результативный по происхождению, рассчитанный на длительный горизонт поиск информации. На 27 темах и 41 агенте, при 16,605 оценках по рубрике от 5 судей с доступом к вебу, наша лучшая локальная модель (DToR_gpt-oss120B_local500) заняла 1-е место (8.57/10) с средним показателем дуэльных побед 79% (14,580 дуэльных оценок), при этом использовалось только 4.37 кВт·ч/отчет на потребительских устройствах. В сухолабораторной валидации на пяти приложениях его кандидаты совпали с лучшими коммерческими решениями или превзошли их. Эта работа подчеркивает практический путь к открытым, надежным и масштабируемым on-prem агентам DR для автоматизированного, ускоренного научного открытия на уровне S3–S4.
Благодарности
Этот проект частично поддерживается стипендией Eric and Wendy Schmidt AI in Science Fellowship, программой Schmidt Sciences. Этот проект также частично поддерживается National Science Foundation Research Traineeship in AI-enabled Molecular Engineering of Materials and Systems for Sustainability (NRT-AIMEMS). Дополнительная поддержка поступила от University of Chicago Data Science Institute в рамках инициативы 2024 AI+Science Research Initiative. Эта работа также частично поддерживалась National Science Foundation по программе Future Manufacturing (грант 2037026) и по программе Robust Intelligence (гранты 2313131 и 2332475). Вычислительные ресурсы были предоставлены кластером Carbon высокопроизводительных вычислений в Center for Nanoscale Materials, Argonne National Laboratory, пользовательским объектом U.S. Department of Energy Office of Science (контракт № DE-AC02-06CH11357); Argonne Leadership Computing Facility, пользовательским объектом U.S. Department of Energy Office of Science в Argonne National Laboratory, в рамках программы DOE Office of Science Advanced Scientific Computing Research (контракт № DE-AC02-06CH11357) по дискретционному гранту ALCF «BRAINIAC» (Allocation ID 14368); University of Chicago Research Computing Center (предложение №68909) и кластером высокопроизводительных вычислений University of Chicago Data Science Institute; а также системой Delta и передовыми вычислительными ресурсами в Texas A&M High Performance Research Computing, обе полученные через программу Advanced Cyberinfrastructure Coordination Ecosystem: Services & Support (ACCESS) в рамках выделения MAT240097 и поддержанные грантами U.S. National Science Foundation 2138259, 2138286, 2138307, 2137603, 2138296.
Оглавление
Содержание
Appendix A Связанные работы в области Physics ML суррогатов, доменных LLM и агентных систем
A.1 Физически согласованные суррогаты и классическое машинное обучение
Физически направляемые предиктивные суррогаты теперь работают на уровне веб-масштаба: графовые сети и эквивариантные модели, обученные на массивных тщательно отобранных корпусах. Для обеспечения устойчивости кристаллических структур GNoME обучает крупные графовые модели и конвейеры активного обучения, чтобы предлагать миллионы кандидатных структур и помечать сотни тысяч как вероятно стабильные — демонстрируя, что данные+масштаб могут систематически расширять известную неорганическую вселенную [merchant2023gnome]. В каталитике инициативы Open Catalyst формализовали реалистичные вычислительные нагрузки: OC20 представила 1.28M DFT релаксаций и 265M оценок в одной точке для адсорбат–поверхностной энергетики и создала стандартизированные задачи (IS2RE/IS2RS/S2EF) с жесткими разделениями для обобщения; OC22 расширилась до оксидных электрокатализаторов, релевантных OER, с более реалистичными катализаторами и целями [chanussot2021oc20, tran2023oc22]. Новые датасеты в стиле foundation продвигают еще дальше: OMat24 агрегирует >110M записей DFT и выпускает сильные базовые модели (например, Equiformer-V2), которые достигают почти химической точности на нескольких задачах [barrosoluque2024omat24]; OMol25 аналогично масштабирует молекулярные данные DFT до >100M вычислений, охватывающих десятки миллионов уникальных молекул, что позволяет широкое предварительное обучение для физики малых молекул [levine2025omol25]. В дополнение к датасетам foundation-модели, такие как универсальная модель атомов (UMA) и Orb, исследуют одни и те же архитектуры, переносящиеся через химию и задачи, стремясь к междоменному обобщению при общей токенизации/представлении (featurization) атомов и локальных окружений [wood2025uma, orbitalmaterials2025orb]. Эти суррогаты особенно сильны для целей S1–S2 (объемная стабильность, энергии адсорбции, локальные структурные релаксации), но в работе они в основном остаются на уровне D1–D2: фиксированно-формульные предикторы, обученные на равновесных данных, с ограниченной способностью рассуждать о кинетике, окнах синтеза или ограничениях уровня устройства, которые проявляются на S3–S4. Итоговый эффект заключается в том, что они по-прежнему остаются превосходными «атомы→свойства» движками, однако они не помогают автономно решать задачу длительного горизонта — сбор многопартийных доказательств и процесс-ориентированное планирование, требуемое от атомного масштаба до масштаба устройства, — с обоснованиями rationales [merchant2023gnome, chanussot2021oc20, tran2023oc22, barrosoluque2024omat24, levine2025omol25, wood2025uma].
A.2 Сфера: LLM в предметной области (не агент)
Модельные LLM домена охватывают три полезные роли. (i) Материало-текстовые модели (MatSciBERT/MatBERT/MaterialBERT) обучаются на корпусах материалов, чтобы обеспечивать извлечение сущностей/отношений, классификацию документов и построение графов; MatSciBERT превосходит SciBERT в задаче распознавания именованных сущностей (NER) и отношениях на подборках специально отобранных бенчмарков, тогда как MatBERT показывает, что доменно-специфическое предварительное обучение заметно повышает NER F1 и эффективность по выборкам в текстах по материалам; MaterialBERT вводит доменный токенизатор/словарь, настроенные под материалы литературы, а Intern-S1 масштабирует доменно-специфические возможности рассуждений [gupta2022matscibert, trewartha2022quantifying, yoshitake2022materialbert, internlm2025interns1]. (ii) Химические/полимерные LLM ориентированы на предсказание/генерацию на уровне последовательностей: ChemBERTa установила трансформерные базовые варианты и тенденции масштабирования для SMILES; ChemBERTa-2 довела до 77M SMILES и показала стабильные улучшения (и что многозадачное регрессионное предварительное обучение может превзойти MLM (Masked Language Modeling) при переносе); ChemBERTa-3 вносит вклад в открытую, сквозную инфраструктуру обучения для химических фундаментальных моделей; MegaMolBART предоставляет крупномасштабную генеративную модель последовательностей, оптимизированную для молекулярного дизайна, а MOL-Mamba вводит модели пространства состояний для эффективного представления [chithrananda2020chemberta, ahmad2022chemberta2, singh2025chemberta3, nvidia2022megamolbart, hu2025molmamba]. ChemGPT демонстрирует масштабирование генерации до более чем 1B параметров с четкими нейроскалирующими законами для химических LLM, проясняя, как на практике соотносятся масштаб модели и данных [frey2023neural]. В полимерах TransPolymer предлагает химически осведомленный токенизатор и MLM предварительное обучение, которые улучшают регрессионные результаты на десяти бенчмарках; polyBERT строит сквозной, ультрабЫстрый пайплайн и отбирает 100M гипотетических полимеров; PolyNC объединяет входы естественного языка и химических последовательностей, чтобы улучшить согласованное предсказание свойств полимеров [xu2023transpolymer, kuenneth2023polybert, qiu2024polync]. (iii) Генеративные/дизайновые LLM для материалов включают ChatMOF и GPT-4 Reticular Chemist для предложений по MOF [kang2024chatmof, zheng2023gpt4], CataLM для дизайна катализаторов [wang2024catalm]; Crystal-LLM (авторегрессионная) генерирует кристаллические структуры по составу, а MatterGen масштабирует генерацию неорганических структур с валидированными открытиями и надежным контролем свойств [kang2024chatmof, antunes2024crystallm, zeni2025generative]. В совокупности эти модели обеспечивают гибкие интерфейсы текст/код/структура и сильную производительность S1–S2 — идеальные для курации, предложения кандидатов или скрининга с помощью суррогатов, но обычно они имеют короткий горизонт (D1–D2): они отвечают на запросы, а не проводят длительный на часы, инструментально-обоснованный, иерархический опрос по противоречивой литературе [yoshitake2022materialbert, trewartha2022quantifying, gupta2022matscibert, qiu2024polync, kuenneth2023polybert, xu2023transpolymer, chithrananda2020chemberta, ahmad2022chemberta2, singh2025chemberta3, frey2023neural, nvidia2022megamolbart, kang2024chatmof, zeni2025generative, antunes2024crystallm].
A.3 Агентные системы для научного исследования
Фреймворки агентов нацелены на оркестрацию полного цикла исследования: декомпозицию целей, извлечение и согласование свидетельств, применение инструментов/симуляторов предметной области и итеративную критику/планирование. Ранние примеры использовали планирование на основе правил/графов и байесовские циклы в ограниченных областях — Chematica/SYNTHIA реализовали правила ретросинтеза экспертов и эвристический поиск; CAMD задал автономный цикл проектирования/изготовления/обучения для отбора материалов [merck_synthia_website, montoya2020camd]. Агенты на базе LLM расширяют это за счет декомпозиции, ориентированной на язык, и использования инструментов: ChemCrow связывает модели с инструментами химии (например, RDKit, базы данных) для выполнения реалистичных задач [bran2024chemcrow]; HoneyComb предоставляет гибкий стек материалов-агентов с возможностями извлечения/инструментирования и подключениями к HPC [zhang2024honeycomb]; SciAgents формализует рассуждение в виде графов для научного планирования с участием нескольких агентов [ghafarollahi2025sciagents]. Недавние иерархические фреймворки, такие как El Agente, вводят оркестрацию для сложных рабочих процессов в квантовой химии [zou2025elagente], тогда как системы вроде CheMatAgent, ChemAgent, MatAgent и ChemHAS дополнительно специализируются на обучении использованию инструментов и координации с участием человека [wu2025chematagent, tang2025chemagent, bazgir2025matagent, li2025chemhas]. Наконец, фреймворки «AI co-scientist» объединяют планирование с web/code-инструментами и подчеркивают оценку и происхождение данных [gottweis2025towards]. Исполнительные бэкенды замыкают цикл: A-Lab и RoboMapper демонстрируют самоуправляемые лаборатории, которые открывают и характеризуют новые материалы [szymanski2023alab, wang2023sustainable]; IBM RXN/RoboRXN связывает цифровую ретросинтез-цепочку с автоматизированным синтезом [ibm2020roborxn]; а NVIDIA ALCHEMI ориентирован на масштабируемую инфраструктуру (данные, модели и ускоренное моделирование) для открытия материалов [ong2025alchemi]. Несмотря на прогресс, большинство агентов сегодня работают на глубине D2–D3 и в рамках масштаба S1–S3; они редко поддерживают запуски извлечения по тысячам запросов, явное управление деревом тем и тесную связку с кроссдоменными ограничениями процессов, которых требуют задачи уровня S3–S4 устройства. Именно эта ниша и предназначена для агентов deep-research: обеспечивать иерархическое планирование, многостадийное локальное+web извлечение в масштабе, адресные вызовы инструментов/симуляторов и систематическую самокритику с плотным сохранением происхождения данных до тех пор, пока не возникнет синтез, готовый к принятию решения [merck_synthia_website, montoya2020camd, bran2024chemcrow, zhang2024honeycomb, ghafarollahi2025sciagents, gottweis2025towards, szymanski2023alab, ibm2020roborxn, ong2025alchemi].
A.4 Разрыв до глубокого исследования на S3–S4/D4
Несмотря на существующие достижения, переход к сложности S3–S4 нано-устройств служит фундаментальным барьером. Комбинаторный взрыв по материалам, интерфейсам, параметрам обработки и операционным ограничениям порождает пространства гипотез, где решающие идеи лежат на пересечении разнородной литературы, противоречивых сообщений и междисциплинарных явлений. Ключевым образом, накопление доказательств на длительных горизонтах и иерархическое накопление данных (D4) остается недостаточно описанным: многие агенты ограничиваются D2–D3, с ограниченными итерационными циклами, поверхностной координацией и отсутствием явного управления деревом тем для синтеза по схеме «ширина затем глубина». Коммерческие предложения для глубоких исследований, представленные в 2025 году, позволяют многошаговые запросы, но остаются закрытыми по исходному коду, с ограниченной управляемостью и локальной интеграцией, что усиливает необходимость в открытых, on-prem платформах, адаптированных под рабочие процессы с проприетарными материалами. DToR решает эту задачу, рассматривая каждую исследовательскую вершину как состояние, обоснованное доказательствами, в поиске по дереву с ограниченными ресурсами, связывая символьное рассуждение ToT/GoT с требуемым для научных открытий предметно-ориентированным «привязыванием» знаний. Насколько нам известно, DToR — это первая открытая on-prem платформа, которая явно связывает локальный предметный RAG с расширением веб-источников, запускаемым обнаружением пробелов, в дереве поиска с ограниченными ресурсами, чтобы решить задачу обнаружения материалов S3–S4 — режим, в котором ни чистые суррогаты, ни закрытые коммерческие DR-агенты не работают надежно.
Appendix B Дополнительные рисунки
Appendix C Темы наноматериалов и устройств
C.1 PFAS_2D_FET_Probes
Какие двумерные (2D) наноматериалы или молекулярные зонды — включая новые, малоизученные кандидаты — обладают наибольшим потенциалом для обеспечения высокочувствительного и высокоселективного обнаружения пер- и полифторалкильных веществ (PFAS), или более широко химических и биологических аналитов, при их интеграции в сенсорную платформу на основе полевого транзистора (FET)?
C.2 LIB_Advanced_Binders
Какие передовые технологии биндеров разрабатываются для повышения производительности и долговечности литий-ионных аккумуляторов?
C.3 S_aureus_FET_Commercial_Probes
Как можно использовать появляющиеся зондовые химические составы, которые коммерчески доступны, экономически эффективны и демонстрируют минимальную вариабельность от партии к партии, для разработки новой биосенсорной системы на основе FET для обнаружения Staphylococcus aureus?
C.4 Wastewater_Resource_Recovery_Cats
Какие наноструктурированные материалы электрокатализатора демонстрируют наивысшую селективность и эффективность для электрохимического обнаружения и извлечения критически важных ресурсов (например, Li+, PO4³-, NH4+) из сложных матриц сточных вод, и какие ключевые показатели эффективности — такие как селективность, чувствительность, скорость извлечения, энергопотребление и эксплуатационная стабильность — отличают их?
C.5 OER_Устойчивые_к_сточным_водам_коты
Определите ключевые материалы наноразмерных электрокатализаторов для стимулирования реакции выделения кислорода (OER) в сложных матрицах сточных вод — таких как потоки с высокой концентрацией хлоридов, с высокой органической нагрузкой или с многокомпонентными ионами — для каждого класса/состава материала, всесторонне учитывая ключевые показатели эффективности (перенапряжение при 10 мА см-², фарадеевская эффективность, стабильность), а также стратегии поверхностного проектирования, которые обеспечивают коррозионную стойкость и устойчивую активность в условиях реальных стоков.
C.6 Solar_Evap_Wastewater_Photothermal
Какие фототермические материалы и конструкции систем наиболее эффективны для испарения воды, приводимого в действие солнечным излучением, в сложных матрицах сточных вод — например, в потоках с высокой органической нагрузкой или в многокомпонентных потоках с несколькими ионами — и как они соотносятся по составу материалов, эффективности преобразования «солнечный свет — пар» при освещении с интенсивностью одна «sun», скорости испарения, устойчивости к загрязнению и интегрированным функциям извлечения ресурсов?
C.7 Датчики_питательных_веществ_анти_помех
Какие материалы/химические вещества для зонда датчика и какие конструкции обеспечивают наилучшую производительность в минимизации факторов помех — таких как конкурирующие ионы, растворенное органическое вещество, колебания pH и вариации температуры — для точного и избирательного обнаружения питательных веществ (например, нитратов, фосфатов, аммония) в сложных водных матрицах, и какие стратегии снижения воздействия помех они применяют?
C.8 CO2_Sensing_2D_Materials
Какие двумерные материалы — такие как производные графена, дихалькогениды переходных металлов или MXenes — обеспечивают наивысшие показатели обнаружения CO2 в сложных газовых или водных средах, и как они сравниваются по пределу обнаружения (ppm), селективности против распространённых мешающих факторов (например, O2, H2O), времени отклика/восстановления и долгосрочной стабильности, включая любые функционализации или структурные модификации, которые улучшают эти показатели? Подумайте о новых кандидатах.
C.9 Процессное окно для массива напечатанных FET
Какие параметры изготовления печатной электроники и стратегии постобработки — такие как вязкость чернил, скорость печати и разрешение, поверхностная энергия подложки, профили температуры отжига и методы калибровки в потоке — показали, что они уменьшают вариабельность «от устройства к устройству» в массивах сенсоров на базе FET, и какие конкретные диапазоны процессов позволяют обеспечить низкую вариабельность порогового напряжения и подвижности вольт-эффектного поля?
C.10 2D_Синаптические_Транзисторы_Практический
Какие двумерные материалы (например, MoS2, WSe2, черный фосфор, h-BN), архитектуры устройств (например, с плавающим затвором, ионно-управляемые, с двойным затвором) и протоколы изготовления (например, контроль толщины канала, инженерия диэлектрика, металлизация контактов) показали способность оптимизировать характеристики синаптического транзистора — в частности по таким показателям, как энергия на событие, линейность обновления веса, время удержания и устойчивость к многократному циклированию — для задач нейроморфного сенсорного восприятия? Подумайте о наиболее практичных и перспективных кандидатах.
C.11 Microplastics_Sensing_2D
Какие платформы двумерных материалов (например, производные графена, дихалькогениды переходных металлов, MXenes), элементы молекулярного распознавания (например, молекулярно импринтированные полимеры, аптамеры, пептидные рецепторы) и стратегии интеграции устройств (например, FET, электрохимический импеданс, фотонная трансдукция) показали наивысшую чувствительность, селективность к органическим веществам и ионным интерферентам, а также быстрое время отклика при обнаружении микропластиковых и нанопластиковых частиц в сложных водных матрицах? Думайте о новых кандидатах.
C.12 Antibiotics_Sensing_2D_Probes
Какие коммерчески доступные, экономически эффективные зондовые хемостратегии (например, тиолированные ДНК-аптамеры, миметики антител, проводящие MIPs), в сочетании с двухмерными платформами преобразователей наноматериалов (например, WS2 FET, сенсоры на основе полевых транзисторов на графене, FET с расширенным затвором из нанотрубок), обеспечивают самые низкие пределы обнаружения, минимальную вариабельность партий и надежную работу для сенсорного обнаружения следовых количеств фармацевтических антибиотиков в разнообразных водных объектах.
C.13 Li_over_Na_Selectivity_Membranes
Какие материалы или мембраны проявляют наибольшую селективность к Li+ по сравнению с Na+ в водных системах, учитывая их почти идентичные гидратированные ионные радиусы и сольватационные окружения? Помимо полимеров, функционализированных краун-эфирами, какие новые или неожиданные материалы — такие как биовдохновленные мембраны с ультравысокой селективностью или нано каналы на основе каркасных ковалентных органических структур (covalent organic framework) — могут обеспечить прорывную дифференциацию Li+ по сравнению с Na+? Найдите новые и перспективные кандидаты.
C.14 PFAS_Electro_Degradation
Какие новые материалы для электродов могут обеспечивать эффективную деградацию PFAS в условиях окружающей водной электрохимии, достигая одновременно высоких скоростей минерализации и дефторирования? Какие внутренние свойства — такие как сродство PFAS к адсорбции, способность к генерации активных форм кислорода и энергия активации разрыва связи C–F — должны быть оптимизированы, чтобы направлять их поиск?
C.15 LiCoNi_Selective_Membranes
Какие материалы мембран могут эффективно разделять ионы Li+, Co²+ и Ni²+ из водных растворов, используя селективные транспортные свойства — такие как подобранные размеры пор, специфические функционализации поверхности и аффинности к заряду — и какие принципы проектирования мембран оптимизируют как селективность, так и проницаемость? Думайте о потенциальных новых, эффективных и практичных кандидатах.
C.16 InSitu_Liquid_TEM_MoS2_Sensing
Как можно использовать in situ жидкостную ячейку TEM для непосредственной визуализации в реальном времени адсорбции и структурных изменений нанолистов 2D MoS2, применяемых в водных FET-датчиках, во время связывания аналита? Какие конфигурации жидкостных ячеек и параметры электронной дозы необходимы для сохранения нативных границ «вода–материал» при регистрации высокоразрешающих событий сенсинга без артефактов, вызванных электронным пучком?
C.17 CO2RR_SOTA_and_Emerging_Cats
Учитывая нынешний ландшафт электро-восстановления CO2, какие современные платформы катализаторов — такие как медь, полученная из оксидов, одноатомные катализаторы на носителях из азот-легированного углерода или материалы, полученные из металло-органических каркасов — демонстрируют наивысшую активность и селективность? Кроме того, какие появляющиеся каталитические системы или новые гетероструктуры помимо этих примеров могли бы с высокой вероятностью превзойти сегодняшние ведущие электрокатализаторы с точки зрения фарадеевской эффективности и стабильности?
C.18 NextGen_Solar_Unconventional
Перевскит–кремниевые тандемные элементы, органические фотовольтаические элементы и квантово-точечные солнечные элементы в настоящее время представляют передний край солнечных технологий следующего поколения. Помимо этих уже известных платформ, какие нетрадиционные классы материалов или инновационные архитектуры приборов — такие как халькогенидные перовскиты, гетероструктуры двумерных полупроводников или фотовольтаические системы на основе ферроэлектриков — предлагают самое неожиданное обещание для достижения прорывов в эффективности, стабильности и масштабируемости?
C.19 Ambient_Pressure_Diamond_Growth
Как можно адаптировать синтез алмазов при окружающем давлении с использованием жидкометаллического сплава Ga–Ni–Fe–Si при 1 атм и 1025 °C, чтобы получать более крупноплощадочные пленки алмазов или ориентированные монокристаллы, и какие ключевые механистические этапы определяют зародышеобразование и кинетику роста при этих условиях низкого давления?
C.20 Diamane_Bandgap_Functionalization
Какие химические функционализации или реакционные пути наиболее перспективны для настройки электронной ширины запрещённой зоны и механической стабильности диманоподобных плёнок двумерного алмаза, формируемых посредством преобразования sp² в sp³, и каким образом такие модификации могут повлиять на их интеграцию в наноэлектронные устройства?
C.21 LIB_Fluoroether_Анионный_рецептор
Поиск новых кандидатов электролитов на основе фторированных простых эфиров, которые включают ковалентно связанные фрагменты анион-рецептора (например, группы с атомом бора или фосфора в центре), чтобы обеспечить окислительную стабильность выше 5.6 В, числа переноса Li+ выше 0.8 и минимальный межфазный импеданс на анодах из лития-металла.
C.22 ML_e_Tongue_for_Water
Какие многокомпонентные (например, графен/2D) многосенсорные массивы с встроенными на чипе QA/QC и распознаванием образов обеспечивают надежное определение отпечатков смеси (металлы + микробы + органические вещества) в проточной воде, с автоматизированным управлением дрейфом/отказами для развертывания в полевых условиях?
C.23 Батарейно-непитаемые_растяжимые_биосенсоры
Какие трибоэлектрические/пьезоэлектрические, прилегающие к коже платформы (сети CNT/графена, ионные гели) обеспечивают непрерывный мониторинг метаболитов/ионов без батарей — какие плотности мощности и периодически включаемые режимы считывания являются практичными для работы в течение недель?
C.24 Смешанноразмерные малошумные преобразователи
Какие 2D-0D/2D-1D/2D-3D vdW-стопки (например, MoS2–QD, CNT–graphene) лучше всего сочетают сильное захватывание/поглощение с высокомобильным переносом, чтобы повысить чувствительность FET/фотодетектора и обеспечить устойчивость базового уровня в реальных средах?
C.25 Электро_фотоуправляемые затворные умные мембраны
Какие электрически управляемые или фотоотзывчивые нано-каналы (MXene/COF/полимерные гибриды) обеспечивают селективность по требованию и устойчивость к обрастанию (anti-fouling) для разделения ионов и восстановления ресурсов в сточных водах, и какие соотношения «включено/выключено» при переключении и срок службы при циклировании являются на уровне лучших достижений??
C.26 Временные биоразлагаемые сенсорные узлы
Какие растворимые проводники, диэлектрики и материалы инкапсуляции обеспечивают стабильную работу водно-грунтовых датчиков с программируемым временем в течение недель, а затем их саморастворение без образования электронных отходов — какие кинетики деградации и стратегии беспроводной передачи данных и их сохранения наиболее практичны?
C.27 Каталитическая_минерализация_микропластика
Какие фотоcинтезирующие фотокатализаторы, генерирующие ROS, и архитектуры микромоторов обеспечивают в реальных водах проверяемую деполимеризацию/минерализацию распространенных МП (PE, PP, PET) — какие доли минерализации, спектры и показатели токсикологической оценки побочных продуктов определяют «настоящую очистку”?
Appendix D Локальные экспериментальные настройки для DR
D.1 Открытые исходные коды LLM и локальный корпус RAG
Мы реализуем фреймворк в LangGraph и развертываем три малозатратные по развертыванию, открытые по исходному коду LLM — DeepSeek-R1-14B, DeepSeek-R1-70B, QwQ-32B, gpt-oss-20B и gpt-oss-120B — обслуживаемые локально через Ollama. Все агентские подсказки и ввод/вывод инструментов используют дисциплину JSON/tool-calling для детерминизма и удобного разбора, а тот же исследовательский узел (RN), описанный в Algorithm 2, является единицей работы в контроллере (Algorithm 3 DToR). Для предоставления репрезентативных, ориентированных на приложения знаний по наноматериалам и устройствам мы создаем стандартизированное векторное хранилище Chroma, охватывающее 1,136,297 полнотекстовых статей, организованных вокруг четырех направлений: датчики, батареи, катализ и полупроводники. Корпус запрашивается сначала в рамках политики local-first RAG; дополнительное веб-поисковое извлечение вызывается только тогда, когда в Algorithm 2 (local evidence-first) рефлексия обнаруживает незакрытые пробелы в знаниях. В соответствии с нашим акцентом на полезности уровня отчетов, а не на бенчмаркинге информационного поиска (IR), слой local-first RAG рассматривается как рутинный, заменяемый компонент; DToR запускает дополнительные веб-свидетельства только при явных пробелах в знаниях и разрешает конфликты между источниками путем выбора большинства доказательств → новизны → авторитетности домена. Чтобы обеспечить переносимое и поддающееся аудиту покрытие доменов без раскрытия каких-либо локальных текстов или индексов, мы публикуем точные шаблоны запросов для определения границ доменов, соответствующие этим четырем направлениям. На практике мы предоставляем шаблоны для датчиков, энергии/окружающей среды (включая батареи), полупроводников и катализа, чтобы другие могли нацеливаться на тот же охват с собственными массивами данных, сохраняя при этом идентичную оркестрацию.
D.1.1 Построение корпуса
Исходные полные тексты нормализуются с помощью конвейера очистки, разработанного для научных документов в масштабе. Очиститель (i) сохраняет структуру разделов и заголовки, (ii) сохраняет уравнения LaTeX/MathJax и общие математические окружения с помощью устойчивых маркеров, (iii) стандартизирует таблицы в компактную текстовую схему, (iv) нормализует URL/DOI и маркеры цитирования вместо их удаления и (v) консервативно удаляет артефакты XML/HTML и шумное заключительное содержание. Для длинных входных данных мы применяем токенизацию с скользящим окном (по умолчанию window8192 токенов, stride 4096) или вариант, учитывающий разделы, который уважает обнаруженные границы, в результате чего получается JSONL, пригодный для последующего обучения или индексирования. Поскольку наш фокус связан с оркестрацией DToR, мы придерживаемся широко используемых, готовых к применению подходов к подготовке и векторному индексированию; слой корпуса функционирует как рутинный, заменяемый компонент, а не как методологический вклад. Чтобы обеспечить воспроизведение в объеме, эквивалентном по масштабу, для различных фондов, мы публикуем точные шаблоны запросов для ограничения домена для сенсоров, энергетики/окружающей среды (включая батареи), полупроводников и катализa; пользователи могут развернуть локальное хранилище с их обычными институциональными конвейерами и предпочитаемыми индексаторами.
Индексация и извлечение
Очищенные тексты разбиваются с помощью рекурсивного символьного разделителя (по умолчанию размер фрагмента 2500, перекрытие 500) и встраиваются с использованием BAAI/bge-m3. Каждый фрагмент несет богатые метаданные (id статьи, DOI, id/индекс фрагмента, путь-источник, id шарда) для поддержки происхождения и исключения дубликатов. Встраивания сохраняются в Chroma, что обеспечивает быстрое извлечение k-NN и инкрементное сохранение при больших загрузках. Для устойчивости на разных машинах хранилище разбито на 500 томов (шардов). Такая организация решает две задачи: (1) управляемую широту — DToR может расширяться до дополнительных томов, когда аналитик решает расширить охват; и (2) ограниченную глубину/задержку — ветви можно отсекать, как только достигается глубина или достаточность доказательств, не затрагивая несвязанные тома. Чтобы снизить риски лицензирования и конфиденциальности, наш локальный корпус ограничен источниками, имеющими институциональную лицензию, или открытыми источниками, и мы публикуем только шаблоны запросов с заданием домена — не тексты и не индексы, — чтобы другие могли воспроизвести охват без распространения защищенного авторским правом контента или PII.
Интеграция политики
В каждом исследовательском узле сначала предпринимается локальное извлечение; сводки синтезируются на основе локальных данных. Только когда рефлексия выявляет конкретные пробелы, контроллер расширяет (выбирая дополнительные объемы и создавая новые RNs) или сокращает (останавливая дальнейший рост ветви). Эта стратегия сочетает широту (многоколоночное исследование по нескольким опорам) с глубиной (итеративное углубление внутри объема), при этом сохраняя затраты предсказуемыми на типовом аппаратном обеспечении и избегая внешних зависимостей во время основного цикла исследования.
Настройка агента
По умолчанию мы запускаем все агенты в конфигурации local-first с ориентированным на стоимость резервным использованием веба. В частности, в ветвях DR одного агента и DToR используется глубина исследования 3 итерации: каждый RN сначала запрашивает локальную Chroma с top-k = 5, и только затем вызывает веб-поиск — по умолчанию DuckDuckGo — чтобы избежать платы за запросы к API. В режиме DToR ширина–глубина ограничивается: max branches = 3, max branch depth = 3, nodes per branch = 100, и глобальным лимитом 500 узлов на эксперимент, что обеспечивает предсказуемую задержку и вычисления. Модели обслуживаются локально через Ollama; RAG включен по умолчанию с embeddings BAAI/bge-m3, а согласованность документов сохраняется за счет полностраничной загрузки и безопасной гигиены вывода. Все параметры остаются настраиваемыми пользователем через конфигурацию/RunnableConfig, чтобы менять баланс покрытия, задержки и стоимости — например, увеличивая глубину или top-k для более сложных запросов, или переключая веб-отображатели, когда позволяют бюджеты.
D.2 Шаблоны запросов для определения области применения
Ниже приведены шаблоны, которые определяют охват предметной области, используемый нашей локально-первой цепочкой обработки (датчики, энергия/среда, полупроводники, катализ). Они публикуются, чтобы другие могли нацеливаться на тот же охват темы с помощью собственных коллекций и прав доступа.
D.2.1 Шаблон сенсорного домена
D.2.2 Шаблон домена «Энергия и окружающая среда»
D.2.3 Шаблон домена полупроводников и устройств
D.2.4 Шаблон домена катализиса
Appendix E Рубрика и шаблоны для оценки LLM как судьи
E.1 LLM-as-Judge Рубрикатор для оценки (применено к отчету DR)
{Anonymous DR Report content}
Теперь, пожалуйста, проанализируйте и оцените приведенный выше отчет по пяти равновзвешенным измерениям:
- 1. Соответствие заявленной цели,
- 2. Глубина и строгость протоколов валидации и бенчмаркинга,
- 3. Ясность и воспроизводимость методологии,
- ⟦Практическая применимость и готовность к внедрению,
- 5. Новизна и широта охвата кандидатов.
Для каждого измерения присвойте оценку от 0 до 10 и укажите обоснование в одном предложении. Эта рубрика делает равный упор на процедурную строгость и четкие шаги реализации наряду с общей согласованностью, гарантируя, что отчеты с хорошо определенными эталонами и практическими рекомендациями получают полную оценку. Пятимерная рубрика была специально разработана для поощрения не только извлечения информации, но и подлинной исследовательской полезности — с приоритетом для практических выводов с четким происхождением, а не для одной лишь всеобъемлющей полноты.
Согласованность оценок между экспертами. Мы вычисляем корреляции Пирсона и Спирмена между экспертами по повторяющимся оценкам тем–отчетов; эти корреляции количественно характеризуют согласованность между экспертами и не используются как доказательство фактической корректности. Хотя рубрика делает акцент на объективных измерениях, таких как новизна и применимость, возможные смещения со стороны LLM-оценщиков — например, предпочтение выходов с похожими архитектурами — были снижены за счет усреднения по разнообразным моделям.
E.1.1 Определения пяти измерений (равные веса)
Relevance = Соответствие заявленной цели и области охвата, включая охват ключевых подкомпонентов, а не только ключевых слов по теме. Depth = Строгость анализа и валидации (например, явные допущения, бенчмаркинг или абляции, указанные неопределенность/ограничения). Clarity = Структура и воспроизводимость методологии, с прослеживаемым происхождением (ссылки, данные/источники, шаги) и недвусмысленными утверждениями. Applicability = Практическая применимость результатов (материалы/кандидаты, параметры/протоколы, требования к ресурсам), обеспечивающая внедрение в ближайшей перспективе. Novelty = Нетривиальные идеи или комбинации кандидатов сверх канонических базовых подходов, с обоснованием, а также широта охвата кандидатов по пространству вариантов дизайна.
E.1.2 Пример исходного ответа (DToR_gpt-oss120B_local500; Тема: зонд датчика PFAS FET) — Claude 4 Opus (мышление)
E.1.3 Пример исходного ответа (DToR_gpt-oss120B_local500; Тема: зонд датчика PFAS FET) — Gemini 2.5 Pro
E.1.4 Пример необработанного ответа (DToR_gpt-oss120B_local500; Тема: датчик зонда PFAS FET) — Grok 3 (мышление)
E.1.5 Пример исходного ответа (DToR_gpt-oss120B_local500; Тема: зонд для датчика PFAS FET) — ChatGPT o3
E.1.6 Пример исходного ответа (DToR_gpt-oss120B_local500; Тема: датчик зонда PFAS FET) — ChatGPT o4 mini high
| Model | Relevance | Depth | Clarity | Applicability | Novelty | Overall (mean) |
| Claude 4 Opus (thinking) | 9 | 7 | 8 | 6 | 9 | 7.8 |
| Gemini 2.5 Pro | 10 | 10 | 9 | 10 | 10 | 9.8 |
| Grok 3 (thinking) | 10 | 7 | 8 | 8 | 9 | 8.4 |
| ChatGPT o3 | 9 | 7 | 8 | 8 | 9 | 8.2 |
| ChatGPT o4 mini high | 10 | 8 | 6 | 9 | 9 | 8.4 |
| Average across models | 9.6 | 7.8 | 7.8 | 8.2 | 9.2 | 8.5 |
E.2 A/ B Dueling Prompt ( Отчет DR A vs. Отчет DR B )
Отчет A: {Anonymous DR Report content}}
Отчет B: {Anonymous DR Report content}}
Как опытный материаловед, соединяющий исследования и пилотные линии, пожалуйста, ознакомьтесь с этими двумя отчетами. Мне нужно ваше профессиональное мнение: какой из них предлагает более ясную стратегическую дорожную карту высокого уровня для наших R&D в течение следующих шести месяцев? Нас особенно интересует отчет, который представляет хорошо структурированное повествование, систематически выявляет и расставляет приоритеты в пробелах знаний, а также обобщает осуществимые последующие шаги — помимо показателей эффективности. Пожалуйста, дайте мне вашу рекомендацию в краткой записке простым языком — по существу — и завершите ее четким решением, какой отчет поддержать, и единственной самой решающей причиной почему.
A/B Duel — Метаданные
E.2.1 Исходный ответ с дуэлью (DToR_gpt-oss120B_local500; Тема: зонд датчика PFAS FET) — Claude 4 Opus (thinking)
Лучшее коммерческое решение: ChatGPT_o3_DR.
Лучшее локальное решение без gpt-oss: DToR_qwq32B_local500.
Лучшая локальная gpt-oss решение: DToR_gpt-oss120B_local500.
Эксперт на основе трех отчетов предоставил 3 коммерческих кандидата, полученных из отчетов о DR (A1-A3), и 3 локальных кандидата, полученных из отчетов о DR non gpt-oss (B1-B3), а также 3 локальных кандидата, полученных из отчетов о DR gpt-oss (C1-C3), которые показаны на рис. S13:
A1 — 2D rGO + -Циклодекстрин (-CD)
Шестиугольная пластина P1 при a = b = 36.90 Å, = 120°, c = 45.00 Å (внутриплоскостная площадь 1179.19 Å2). Количества атомов (C/H/O = 483/102/94) указывают на 2D лист, полученный из графена, с кислородсодержащими дефектами (эпокси/гидроксил) на одной поверхности и карбогидратный тор, согласующийся с -CD, установленным над ним. Населенная толщина составляет 15.02 Å (вакуум 29.98 Å); плоскость 2D углерода расположена вблизи z 7.5 Å. -CD представляет тороидальную полость с проекционной шириной входа 15.3 Å в диаметре, ориентированную перпендикулярно базальной плоскости для захвата PFOS. Кислородные участки на rGO выступают правдоподобными точками закрепления, в то время как лежащая в основе 2D решетка остается в основном sp2 и планарной.
A2 — 2D MoS2/2D гетеропереход hBN + полость (похожа на MIP) с метакриловой кислотой (MIP-подобная), связанная пиреном
Шестиугольная призма P1 при a = b = 28.44 Å, = 120°, c = 46.13 Å (площадь 700.47 Å2). Состав показывает стек гетероперехода 2D MoS2/2D hBN, ограниченный с одной стороны ароматическим (пиренового типа) привязывающим фрагментом и кластером на основе метакриловой кислоты, формирующим полость, подобную -CD (органические C/H/O располагаются над диэлектриком). Заселенная толщина составляет 18.68 Å (вакуум 27.45 Å). Проецируемое отверстие полости имеет 13.6 Å в диаметре, расположено над hBN, чтобы PFOS мог подойти, не нарушая канал MoS2. Пиреновый линкер соединяет – с 2D крышкой, сохраняя ось полости приблизительно перпендикулярной к поверхности и обеспечивая электронную развязку от канала.
A3 — 2D фторографен (CF) пластина
Гексагональная P1 при a = b = 36.90 Å, = 120°, c = 45.00 Å (площадь 1179.19 Å2). Стехиометрия C450F450 дает однослойный двумерный лист CF со сплющенной, похожей на кресло, чередующейся изогнутостью C–F; «толщина» твердого тела равна 3.26 Å, а вакуума 41.74 Å. Поверхность однородна и свободна от дополнительных адсорбатов, обеспечивая непрерывный фторированный интерфейс. Фтор расположен по обе стороны от двумерной углеродной решетки, создавая симметричное фторофильное окружение. Широкая латеральная протяженность сводит к минимуму краевые эффекты, что делает его пригодным для базовых сравнений адсорбции PFOS.
B1 — 2D Ti3C2O2 MXene + methacrylic-acid (MIP-like) cavity
Шестиугольник P1 при a = b = 30.67 Å, = 120°, c = 46.70 Å (площадь 814.63 Å2). Пленка представляет собой 2D Ti3C2 MXene с O-терминированием, несущую с одной стороны кластер метакриловой кислоты, организованный как полость, подобная -CD (дополнительные C/H/O расположены на больших z). Населенная толщина 16.14 Å (вакуум 30.56 Å). Вход в полость выступает на 13.5 Å в диаметре, располагаясь над поверхностью с O-терминированием, тогда как нижний слой MXene служит жесткой опорой. Односторонняя функционализация создает асимметричный интерфейс — электроотрицательные окончания и полярный край полости совместно стабилизируют взаимодействия головной группы PFOS.
B2 — 2D Graphene + метакриловая кислота (MIP-подобная) полость
Шестиугольная P1 с a = b = 36.90 Å, = 120°, c = 45.00 Å (площадь 1179.19 Å2). Поддерживает 1515 2D лист графена, на одной стороне, кластер метакриловой кислоты, организованный в полость, подобную -CD (C/H/O полностью над плоскостью углерода). Населенная толщина равна 9.58 Å при 35.42 Å вакуума. Полость имеет проекционный диаметр 13.6 Å односторонний карман, ориентированный перпендикулярно к базальной плоскости для взаимодействия с PFOS. 2D сп2 решетка остается плоской и проводящей, обеспечивая чистую платформу для разделения распознавания и преобразования.
B3 — 2D Graphene + фторированного фосфолипидного монослоя
Шестиугольная P1 при a = b = 36.90 Å, = 120°, c = 45.00 Å (площадь 1179.19 Å2). Элементный состав (C/F/H/O с примесями N и P) согласуется с головными группами фосфатидилхолина, расположенными рядом с плоскостью 2D-графена, и перфторированными хвостами, простирающимися наружу, чтобы образовать плотную кисть. Заселенная толщина составляет 14.84 Å (вакуум 30.16 Å), а F простирается примерно по z 9.21–22.34 Å над базовой плоскостью. Сборка формирует градиент от гидрофильного к фторофильному, обеспечивая фторированную внешнюю поверхность для сродства хвостов PFOS. Липидные хвосты демонстрируют совокупный наклон относительно нормали к поверхности, что приводит к компактному, с низкой дефектностью, фторированному интерфейсу с одной стороны, тогда как с противоположной стороны остается оголенный графен.
C1 — 2D Ti3C2O2 MXene + C12-PFOTS
Гексагональная P1 при a = b = 30.67 Å, = 120°, c = 46.70 Å (площадь 814.63 Å2). Плёнка представляет собой двумерный Ti3C2 MXene с O-терминацией, несущий с одной стороны единственную молекулу перфтордодецилтриметоксисилана (C12-PFOTS), лежащую на поверхности. Более длинная перфторуглеродная цепь (-(CF2)9CF3) простирается на 17 Å над поверхностью, обеспечивая протяжённую фторофильную область. Населенная толщина 17.36 Å (вакуум 29.34 Å). По сравнению с более короткими вариантами PFOTS, хвост C12 обеспечивает большую площадь контакта по van der Waals, потенциально благоприятствуя связыванию более длинноцепочечных PFAS (PFOS, PFNA) по сравнению с более короткими (PFHxS). Якорь Si–O–C(Me)3 обеспечивает компактное присоединение при сохранении протяжённого фторированного интерфейса.
C2 — -Кетоэнамин-связанный 2D COF + MIP-резонатор (в плоскости)
Шестиугольная ячейка P1 при a = b = 58.18 Å, = 120°, c = 48.02 Å (площадь 2931.40 Å2). Подложка представляет собой 221 сверхъячейку связанного ковалентного органического каркаса (COF) -кетоенамин, несущего ту же полость MIP, связанную с метакриловой кислотой, как в A2, теперь встроенную в плоскость COF на той же высоте z. Слой COF и кластер MIP сосуществуют латерально (z 4–12 Å), образуя гетерогенную 2D-поверхность, где полость функционирует как дефект/модификация поры в плоскости. Заселенная толщина 8.14 Å (вакуум 39.88 Å). Эта геометрия способствует латеральной диффузии PFAS вдоль COF к встроенному участку, ограничивая исключительно вертикальный доступ; более мелкий край может усиливать отбор по размеру/форме, направляя линейные PFAS в полость, при этом ухудшая доступ громоздких мешающих веществ (например, гуминовых веществ).
С3 — 2D Ti3C2O2 MXene + C12-PFOTS + AgNP + PEDOT:PSS
Гексагональная P1 при a = b = 30.67 Å, = 120°, c = 46.70 Å (площадь 814.63 Å2). Полученная из C1, O-терминированная 2D Ti3C2 MXene поддерживает одну цепь C12-PFOTS и дополняется (i) кластером наночастиц Ag43 1 нм, расположенным рядом с протяженным фторуглеродным хвостом, что формирует плазмонные горячие точки вдоль цепи, и (ii) мономерами PEDOT и PSS в качестве проводящих прослоек для сохранения открытой структуры. Заполненная толщина 17.36 Å (вакуум 29.34 Å). Протяженная C12-цепь в сочетании с ближним полем AgNP создает более обширную область электромагнитного усиления, адаптированную для PFAS с длинной цепью (PFOS, PFNA). PEDOT:PSS препятствует повторной агрегации MXene и вводит сульфонатные участки (из PSS), которые могут модулировать селективность за счет электростатических взаимодействий с сульфонатными головными группами PFAS.
E.2.2 Оценка избирательности для производительности сенсора PFAS
Практическое внедрение датчиков PFAS требует не только прочного связывания с целевыми пер- и полифторалкильными веществами, но и селективного различения распространённых экологических интерферентов. Для количественной оценки этой селективности мы разработали унифицированную систему балльной оценки, применимую как к статическим расчётам DFT, так и к моделированию AIMD в явном растворителе с целью обеспечения прямого сравнения между вычислительными методологиями при сохранении термодинамической строгости. Вывод метрики селективности: фундаментальная метрика селективности количественно определяет различительное предпочтение связывания между соединениями PFAS и молекулами интерферентов:
| (1) |
где представляет собой среднюю энергию связывания по четырем репрезентативным соединениям PFAS (PFOA, PFOS, PFNA и PFHxS), а обозначает среднюю энергию связывания для конкурирующих видов (гуминовая кислота и SDS), как показано на рисунке S14. Более высокое положительное значение указывает на превосходящую селективность, то есть на более сильное предпочтительное связывание PFAS по сравнению с конкурирующими веществами. Для статических расчетов DFT значения соответствуют традиционным энергиям связывания , вычисленным в условиях неявного растворителя (рисунок S15). В явнозаписанных моделированиях AIMD эти значения заменяются на разности потенциальных энергий конечного состояния, усредненные по времени , которые учитывают эффекты реорганизации растворителя и перестройки сети водородных связей, отсутствующие в статических расчетах (рисунки S16 и S17). Линейная рамка оценки селективности: чтобы обеспечить осмысленное сравнение между кандидатными системами и вычислительными методами, мы нормируем метрики селективности до единой шкалы оценок:
| (2) |
где представляет собой селективность -циклодекстрина, нашу референсную привязку для области исследования с установленной способностью связывания PFAS [wang2024reversible]. Параметр чувствительности был выбран для обеспечения надлежащего различения баллов при сохранении численной устойчивости на обоих наборах данных DFT и AIMD. Эта линейная трансформация сохраняет физический смысл разностей энергии, одновременно устанавливая -CD в качестве базового эталона (Score = 100). Сравнительный анализ селективности при различных моделях сольватации: Применение этой унифицированной системы оценивания выявляет поразительные различия между неявным и явным учетом сольватации. В статических расчетах DFT с неявным растворителем система A1 достигает наивысшего значения балла селективности 102.4, превосходя -CD базовый уровень (Figure S18). Кандидаты серии B также демонстрируют конкурентоспособность: так, B2 и B3 показали лишь незначительно превышающие 100 баллов.
Однако включение явных молекул воды и динамического отбора проб в моделировании AIMD существенно изменяет ландшафт селективности (Рисунок S19). Наиболее заметно то, что большинство значений для кандидатных систем ниже базовой линии -CD в явном растворителе, и лишь B1 достигает наивысшей относительной эффективности при 102.0. Это систематическое снижение значений отражает критическую роль растворителя: конкурентную адсорбцию воды на участках связывания, сильную гидратацию анионных головных групп PFAS и энтропийные штрафы, связанные с ограничением гибких молекул в адсорбированных конфигурациях. Изменение относительных рангов между расчетами статического DFT и AIMD — в частности, превосходящая эффективность кандидатов серии B при явной сольватации — подчеркивает важность включения динамики растворителя в оценку конструкций сенсоров. Хотя статические расчеты дают ценный первичный скрининг, результаты AIMD с явным растворителем более точно отражают сложное взаимодействие между взаимодействиями «адсорбат–поверхность» и перестройкой растворителя, определяющими селективность в реалистичных водных условиях. Последствия для проектирования сенсоров: расхождение между результатами для неявного и явного растворителя имеет существенные последствия для разработки сенсоров PFAS. Системы, оптимизированные только на основе статических расчетов DFT, могут демонстрировать сниженную селективность в водной среде из-за непредвиденных конкурентных эффектов со стороны растворителя. Напротив, кандидаты, которые кажутся менее подходящими в вакууме или при расчетах с неявным растворителем, могут извлечь выгоду из благоприятных взаимодействий, опосредованных растворителем, которые повышают их практическую селективность. Это подчеркивает необходимость многоуровневых вычислительных подходов, переходящих от эффективного статического скрининга к строгой валидации с явным растворителем для перспективных кандидатов.
Представленная здесь схема оценки линейной селективности обеспечивает количественный, термодинамически обоснованный показатель для оценки характеристик сенсора в рамках вычислительных методологий. Сохраняя согласованные обозначения и нормализацию при статических и динамических моделированиях, этот подход позволяет систематически сравнивать кандидатные материалы, сохраняя при этом физическую интерпретируемость лежащих в основе различий энергии.
E.3 PFAS Деградация
E.3.1 PFAS_Electro_Degradation
Для второго применения: деградация PFAS. Запрос, показанный в C,:
Лучшее коммерческое решение: Gemini_2.5_Pro_DR.
Лучшее локальное решение без gpt-oss — DToR_qwq32B_local500.
Лучшая локальная gpt-oss реализация: DToR_gpt-oss120B_local500.
Эксперт на основе двух отчетов предоставил 5 коммерческих кандидатов, выведенных из DR-отчета (A1–A5), 5 локальных кандидатов, выведенных из DR-отчета без gpt-oss (B1–B5), и 5 локальных кандидатов, выведенных из DR-отчета с gpt-oss (C1–C5), которые показаны на рис. S20:
Ti4O7 — Плиточный эталонный бенч слэб Pristine Magnéli (001)
Триклинная пластина P1 с a = 22.376 Å, b = 27.651 Å, = 75.306°, c = 42.208 Å (площадь в плоскости 598.50 Å2). Число атомов (Ti/O = 256/448; всего 704) соответствует завершению Ti4O7 (001). Заполненная толщина составляет 12.13 Å (z 3.41–15.53 Å), оставляя 30.08 Å вакуума; середина пластины лежит вблизи z 9.47 Å. Поверхности стехиометрические и плоские, сохраняя связность плоскости сдвига Magnéli и пути металлической проводимости — наша базовая эталонная проводящая оксидная система для испытаний на PFAS. Заметки о построении/релаксации: 4 атомных слоя; нижние два закреплены. (Адсорбаты для последующих запусков были заданы на 3 Å выше наиболее выступающего сайта Ti, хвост параллельно поверхности.)
A1 — Ti4O7 (001) с сквозным порами + краевыми O-вакансиями
Триклинная ячейка P1 с a = 22.376 Å, b = 27.651 Å, = 75.306°, c = 42.208 Å (площадь в плоскости 598.50 Å2). Число атомов (Ti/O = 249/437; всего 686) отражает удаление кластерa сверху и дополнительные вакансии O на ободке относительно стенда ( = 7 Ti, 11 O). Заполненная толщина составляет 13.44 Å (z 3.00–16.45 Å), оставляя вакуум 28.77 Å; середина слоя (mid-plane) расположена около z 9.73 Å. Круглое сквозное отверстие было введено путем удаления атомов в цилиндре радиусом 5 Å из верхних слоев, что дало эффективное отверстие диаметром 1.0 nm; ободок обнажает слабо координированный Ti с локально уменьшенной O-средой, тогда как окружающая решетка сохраняет связанность shear-plane фазы Magnéli. Использованный протокол релаксации: нижняя половина зафиксирована; верхняя область (и любые адсорбаты) релаксирована так, что край поры доминирует в связывании/активации. Связь со стендом Ti4O7: та же решетка, векторы ячейки и базовое (001) завершение, как у исходного фрагмента стенда Ti4O7; нижняя область не изменена. Все правки локализованы на верхней поверхности (механическая обработка поры + вакансии O на ободке). Вдали от поры стехиометрия Ti/O на слой и топология shear-plane совпадают с эталоном стенда.
A2 — Pd-перекрывающий слой/Ti4O7 (001) композит (аморфный Pd на плите основания))
Триклинная ячейка P1 с a = 22.376 Å, b = 27.651 Å, = 75.306°, c = 42.21 Å (площадь в плоскости 598.50 Å2). Количество атомов (Ti/O/Pd = 256/448/94; всего 798) указывает на стехиометрическую подложку Ti4O7, покрытую оверлеем Pd. Заселенная толщина составляет 16.45 Å (z 3.14–19.59 Å), оставляя 25.76 Å вакуума; середина плоскости при z 11.37 Å. Атомы Pd заполняют верхнюю террасу в широком диапазоне (нет отдельного островка), формируя разупорядоченную пленку с высотами Pd 16.12–19.59 Å (средняя 17.71 Å), то есть 3.1 Å над верхним слоем оксида (z 16.49 Å). Связь с Ti4O7-основанием: идентичная решетка и стехиометрия Ti/O по сравнению с исходной слэб-пластиной Magnéli (001); изменения ограничены оверлеем Pd на верхней поверхности (нижняя половина сохранена как на основании), без введения пор или вакансий по O.
A3 — Pd55 кластеризация на Ti4O7 (001) (икосаэдрно-подобная наночастица на поверхности лабораторного столика)
Триклинная ячейка P1 с a = 22.376 Å, b = 27.651 Å, = 75.306°, c = 42.21 Å (площадь в плоскости 598.50 Å2). Число атомов (Ti/O/Pd = 256/448/55; 759 всего) показывает подложку Ti4O7, поддерживающую компактную Pd-наночастицу. Заселенная толщина составляет 22.65 Å (z 3.23–25.87 Å), оставляя 19.56 Å вакуума; в середине по толщине при z 14.55 Å. Pd-кластер (первоначально икосаэдрический; разрешено релаксировать) (n = 55) локализован на верхней террасе с проекционной площадью основания 9.2 9.6 Å (максимальный радиус в плоскости 5.33 Å; проекционный диаметр 10.65 Å) и вертикальным размером, при котором вершина 9.7 Å находится над верхним слоем оксида (z 16.15 Å). Связь с подложкой Ti4O7: та же решетка и стехиометрический оксид, что и для исходного (001)-слэба; единственное изменение — одна Pd55-наночастица, закрепленная на верхней поверхности (без обработки пор или O-вакансий), при этом нижняя область сохранена как в эталонной подложке.
A4 — F-легированный рутил SnO2 (110) slab (FTO, OF замещение вблизи поверхности)
Ортогональная ячейка P1 с a = 26.8022 Å, b = 25.4880 Å, = 90.0°, c = 42.1012 Å; площадь в плоскости 683.13 Å2. Метрики соответствуют 48 SnO2(110) надъячейке (a 4a, b 8c). Числа атомов (Sn/O/F = 256/497/15; 768 всего) указывают 2.9% замещение OF в анионной подрешетке (15/512), то есть слабо легированную F «FTO»-пластину. Населенная толщина составляет 14.28 Å (z 4.32–18.60 Å), оставляя 27.83 Å вакуума; слои Sn занимают z 4.38–15.29 Å, тогда как узлы F ограничены узкой полосой вблизи верхней границы (z 16.33–17.17 Å; среднее 16.75 Å), прямо под самыми внешними гребнями O (O 18.60 Å). Это помещает F в первую очередь в приповерхностные положения O на (110), сохраняя характерную протяженность мостиковых O/внутриплоскостных O в рутиле и обеспечивая слегка более богатое электронами, менее гидроксилированное верхнее окончание, ожидаемое для FTO.
A5 — B-дотированный четырехслойный графен
Шестиугольная P1; a = b = 19.68 Å, = 120°, c 36.0 Å. Четыре графеновых слоя, уложенных с стандартным межслоевым расстоянием d(002) 3.35 0.05 Å (три зазора 10.05 Å толщины слоя). Замещающий B заключён в верхнем слое (10 ат% в этой плоскости; 2–3 ат% в целом), сохраняя каркас sp2. Оставшийся 26 Å — вакуум вдоль c, чтобы подавить взаимодействия изображений. Во время релаксации мы зафиксировали два нижних слоя; релаксировали два верхних (и любые адсорбаты).
B1 — F-привитый четырехслойный графен (согласованное межплоскостное расстояние; согласованный с A5)
Шестиугольный P1; сохраняй внутриплоскостные метрики A5 (a = b, = 120°) без изменений и c 36,0 Å. Сложи четыре слоя графена со стандартным межслоевым расстоянием d(002) = 3,35 0,05 Å (три зазора 10,05 Å толщины слэба), а оставшиеся 26 Å — как вакуум вдоль c для развязки периодических изображений. Химический/легирующий рисунок точно такой же, как в A5 (без изменений в том, какие слои легированы/функционализированы); углеродная сеть остается в основном sp2. Тот же протокол релаксации, что и в A5: зафиксируй нижние два слоя; релаксируй верхние два (и любые адсорбаты). Связь с A5: одинаковая конвенция по расстояниям и бюджет по вакууму, как в A5, чтобы обеспечить сопоставимые энергии адсорбции и электростатику по серии графенов, при этом оставляя только различия допанта/функционализации для управления поведением.
B2 — 2D Ti3C2 MXene (O/OH-terminated)
Шестиугольная плита P1 при a = b = 24.536 Å, = 120°, c = 36.700 Å (внутриплоскостная площадь 521.36 Å2). Число атомов (Ti/C/O/H = 192/128/128/114; всего 562) соответствует 64 ед. ф. Ti3C2 с полными двухсторонними окончаниями (128/сайт всего): 89% –OH (114 H) и 11% =O (14 O), распределено симметрично по граням (57 –OH + 7 =O с каждой стороны). Слой вакуума составляет около 27.21 Å. Пластина сохраняет характерное 2D ядро MXene (Ti–C–Ti тройные слои) со смешанными окончаниями O/OH, направленными наружу, что обеспечивает гидрофильную, электронно-проводящую поверхность, подходящую для тестов на адсорбцию (например, координация головной группы PFAS через домены –OH).
B3 — 2D MnO2-как нанослой в стиле birnessite с редкими односторонними –OH
Ортогональная P1-ячейка при a = b = 29.3628 Å, = 90.0°, c = 33.595 Å (площадь в плоскости 862.17 Å2). Количества атомов (Mn/O/H = 216/411/18; всего 645) согласуются с почти стехиометрическим слоем MnO2 с легкой гидроксилизацией (H:Mn 0.083). Заселенная толщина составляет 9.32 Å (z 0.82–10.14 Å), оставляя 24.28 Å вакуума. Интервалы, разрешенные по элементам: Mn 1.52–9.59 Å; O 0.82–9.61 Å; H локализован в 7.12–10.14 Å на внешней поверхности, что указывает на односторонние окончания –OH/водой на двумерном октаэдрическом листе. Примечание по релаксации: мы сохранили нижнюю половину зафиксированной и релаксировали верхнюю половину/адсорбаты; ожидается, что связывание головной группы происходит на поверхностных узлах –OH/O, при этом базовый Mn–O каркас остается устойчивым.
B4 — 2D MnO2-как (в стиле бирнессита) нанослой, меньшая элементарная ячейка; односторонняя –OH
Ортогональная ячейка P1 при a = b = 22.000 Å, = 90.0°, c = 33.610 Å (площадь в плоскости = 484.00 Å2). Состав (Mn/O/H = 150/285/12; 447 всего) снова отражает лист MnO2 с легкой гидроксилированием (H:Mn 0.08). Населенная толщина равна 9.40 Å (z 1.77–11.17 Å), оставляя 24.21 Å вакуума. Протяженности, разрешенные по элементам: Mn 2.12–10.48 Å; O 1.77–10.99 Å; H 8.43–11.17 Å, то есть группы –OH/вода локализованы на верхней поверхности двумерного листа. Релаксация соответствует B3 (нижняя область зафиксирована, верхняя свободна), чтобы сохранять корректное сопоставление в серии MnO2.
B5 — Graphene-capped 2D MXene (полученный из B2)
Непосредственно из B2 (те же векторы ячейки и завершения) добавляется однослойный лист графена, параллельный верхней поверхности MXene, и центрированный так, чтобы он полностью перекрывал плоскость ячейки. Начальное разделение MXenegraphene задают равным 3.35 Å (графит d(002)), без ковалентных связей — только контакт за счет ван-дер-ваальсовых сил. Графен является бездефектным sp2 и ему разрешают релаксировать в плоскости/по вертикали; MXene под ним следует протоколу релаксации B2 (низ закреплен, верх свободен). Вакуум вдоль оси c сохраняют как в B2, чтобы избежать связи между изображениями. Связь с B2: идентичная подложка; единственное изменение — слой графенового покрытия.
C1 — Многолегированный графен (совместное легирование N, S, B с дефектами двойного слоя))
Гексагональная P1; число слоёв и размеры сверхячейки (a = b = 19.68 Å, = 120°, c 36.0 Å) сохранены согласованными с A5 и B1. Четыре графеновых слоя уложены с стандартным межслоевым расстоянием d(002) 3.35 Å (три зазора 10.05 Å номинальная толщина слоя), модифицированные обширным легированием гетероатомами и инженерией дефектов по двум верхним слоям. Заселённая толщина охватывает 10.05 Å (z 4.00–14.05 Å), при этом структура намеренно размещена низко в сверхячейке, чтобы оставить 19 Å вакуума над верхней поверхностью, обеспечивая достаточно места для размещения адсорбата PFAS и последующей оптимизации геометрии. Многолегирующая архитектура сочетает пары B–N ближайших соседей (2.5 Å разделение для соседства с недостатком/избытком электронов) и пары N–S ближайших соседей (2.5 Å разделение для прямого переноса электронов и синергии с активными кислородными частицами), распределённые по обоим слоям: по верхнему слою (3 пары B–N + 3 пары N–S + 5 изолированных примесей) и по второму слою (2 пары B–N + 2 пары N–S + 3 изолированные примеси). В центре сверхячейки во верхнем слое вводится локализованный дефект «поры» (4 Å радиусный кластер, удалено 8 атомов), чтобы обнажить слабо координированные краевые участки и сформировать нанопору для улучшенного доступа молекул PFAS; это дополняется рассеянными одиночными вакансиями атомов (3% в верхнем слое, 5% во втором слое). Общая загрузка гетероатомами достигает 20–25% в двух верхних слоях (13 N + 8 S + 7 B из 495 суммарных атомов). Такая двухслойная функционализация обеспечивает много-модальные каталитические пути: модуляцию переноса электронов через пары B–N, генерацию окислительных радикалов через пары N–S, а также поляризацию связи C–F, обусловленную дефектами, вокруг центральной нанопоры и распределённых вакансий..
C2 — CuFe, легированный азотом2O4 spinel (111) с вакансиями кислорода
Триклинная плита P1 с a = 16.81 Å, b = 18.64 Å, 120° (плоскостная симметрия, похожая на шестиугольную), c = 47.58 Å (площадь в плоскости 313.5 Å2), представляющая расширение поверхности 22 для спинелевого завершения CuFe2O4 (111). Числа атомов (Cu/Fe/N/O = 64/128/11/240; всего 443) отражают замещение азотом в подрешетке поверхностного кислорода ( 11% поверхностных позиций O замещены на N) и контролируемое формирование вакансий кислорода (5 вакансий, 7% оставшихся поверхностных позиций O). Заполненная толщина составляет 14.58 Å (z 4.00–18.58 Å), оставляя 29 Å вакуума над верхней поверхностью для размещения адсорбата PFAS и явных-солвентных симуляций AIMD. Ориентация (111) демонстрирует поверхность смешанного завершения с координационной средой как октаэдрического Fe3+, так и тетраэдрического Cu2+. Легирование N распределено по подрешетке поверхностного кислорода, тогда как сконструированные вакансии O создают не полностью координированные центры металла (обнаженные позиции Fe3+/Cu2+).
C3 — Co-легированный Mn3O4 spinel (001) с кислородными вакансиями
Орторомбическая P1 пластина с a = 33.07 Å, b = 17.23 Å, c = 46.60 Å (площадь в плоскости 569.6 Å2), представляющая 33 расширение поверхности спинели Mn3O4 (001) при терминальном слое. Числа атомов (Co/Mn/O = 6/318/429; всего 753) отражают замещение кобальтом в подповерхностных октаэдрических узлах Mn (5% подповерхностного Mn) и контролируемое формирование вакансий кислорода (3 вакансии, 2.5% поверхностного O). Заселенная толщина составляет 13.60 Å (z 4.00–17.60 Å), оставляя 29 Å вакуума над верхней поверхностью для размещения адсорбата PFAS и явных-со-растворителем AIMD моделирований. Ориентация (001) демонстрирует трехмерный каркас спинели со смешанно-валентными координационными окружениями Mn2+/Mn3+, отличающимися от слоистых структур бирнессит-MnO2 (B3, B4). Легирование Co локализовано в подповерхностном слое (расположено между поверхностью и ядром, 2.5–5.0 Å от верхней поверхности), тогда как сконструированные O-вакансии распределены по поверхности.
C4 — ZnFe2O4 шпинель (111) с кислородными вакансиями
Триклинная P1 пластина с a = 23.86 Å, b = 20.66 Å, 120° (похожа на шестиугольную симметрию в плоскости), c = 50.33 Å (площадь в плоскости 493.0 Å2), представляющая расширение поверхности 22 для спинелевой (111) терминации ZnFe2O4. Число атомов (Fe/O/Zn = 256/506/128; 890 всего) отражает контролируемое формирование кислородных вакансий (6 вакансий, 5% от поверхностного O). заселенная толщина простирается на 17.33 Å (z 4.00–21.33 Å), оставляя 29 Å вакуума над верхней поверхностью для размещения адсорбата PFAS и явных-сольватных AIMD-симуляций. Ориентация (111) демонстрирует поверхность смешанной терминации с тетраэдрическим окружением Zn2+ и октаэдрическим окружением Fe3+. Инженерные O-вакансии распределены по поверхности, создавая недокоординированные металлические центры (оголенные узлы Fe3+/Zn2+).
C5 — Ti3C2 MXene/g-C3N4/Al2O3 кластерная гетероструктура
Шестиугольная пластина P1 при a = b = 30.67 Å, = 120°, c = 51.70 Å (площадь в плоскости 704.6 Å2), представляющая трехслойную гетероструктуру с различными функциональными областями. Количества атомов (Al/C/H/N/O/Ti = 55/347/60/196/254/300; 1212 всего) отражают базовый слой Ti3C2 MXene со смешанной кислородной/гидроксильной терминализацией (70% =O, 30% –OH; 140 =O + 60 –OH групп распределены по обеим поверхностям), средний слой нитрида графитоподобного углерода (g-C3N4) (343 атома: 147 C + 196 N), полученный из расширения 77 суперячейки структуры s-C3N4 из литературы и с учетом растяжения 8.4% для согласования решетки MXene, расположен 3.35 Å над MXene, и октаэдрический кластер Al2O3 (109 атомов: 55 Al + 54 O), центрированный на верхней поверхности (расположен на 7 Å выше g-C3N4). Заселенная толщина охватывает 26.6 Å (z 5.62–32.22 Å), при этом сердцевина MXene занимает z 5.62–16.92 Å, слой g-C3N4 находится при z 20.27 Å, а кластер Al2O3 центрирован при z 27.27 Å.
E.3.2 Многометрика оценка катализаторов деградации PFAS
Эффективная каталитическая деградация соединений PFAS требует как сильной поверхностной адсорбции для концентрирования загрязнителей, так и достаточной активации исключительно стабильных связей C–F. Чтобы всесторонне оценить кандидаты в катализаторы для деградации PFAS, мы применили трехкомпонентную вычислительную структуру оценки, включающую статические энергии связывания, явную динамику в растворителе и энергию разрыва связей C–F, при этом Ti4O7 выступал в качестве эталонной справочной величины для домена [lin2018ti4o7].
Интегрированные показатели производительности
Оценка деградационной эффективности объединяет три взаимодополняющие метрики, которые отражают различные аспекты каталитического процесса. Во‑первых, энергия связывания , полученная из статических расчетов DFT, количественно характеризует термодинамическую движущую силу для адсорбции PFAS на поверхностях катализатора (Рисунок S22). Сильное связывание обеспечивает достаточное покрытие поверхности и время пребывания для последующих реакций деградации. Во‑вторых, разрыв потенциальной энергии явным образом в растворителе , полученный из моделирования AIMD, показывает, как водная сольватация влияет на термодинамику адсорбции (Рисунки S26 и S27), учитывая конкурирующую адсорбцию воды и перестройку сети водородных связей, которую статические расчеты не могут воспроизвести. В‑третьих, энергия диссоциации связи C–F количественно определяет активационный барьер для стадии, ограничивающей скорость дефторирования, рассчитываемый путем смещения атомов фтора из адсорбированных конфигураций PFAS в изолированные положения внутри суперячейки (Рисунок S23). Рамочная схема оценивания деградационной эффективности
Для обеспечения количественного сравнения по этим различным метрикам мы применили унифицированную линейную систему оценивания:
| (3) |
где представляет собой дифференциал производительности относительно базового уровня Ti4O7, определяемый как для показателей связывания и для диссоциации C–F. Здесь — это среднее значение энергии, усреднённое по четырём репрезентативным соединениям PFAS (PFOA, PFOS, PFNA, PFHxS), а служит параметром чувствительности. Для показателей связывания (как для статического DFT, так и для AIMD) более сильная адсорбция (соответствующая большим по модулю энергиям связывания) приводит к более высоким оценкам. Для диссоциации C–F более низкие энергетические барьеры дают более высокие оценки, отражая более лёгкую активацию связи. Распределение энергий диссоциации C–F для различных соединений PFAS и модельных поверхностей демонстрирует существенную вариабельность (Рисунок S24), при этом средние значения лежат примерно в диапазоне от 2 до 6 эВ (Рисунок S25). Эта вариабельность подчёркивает важность усреднения по нескольким видам PFAS для получения репрезентативных показателей производительности, поскольку отдельные соединения могут проявлять предпочтительные взаимодействия с определёнными участками поверхности или кристаллографическими гранями. Анализ производительности по вычислительным методам
Применение этой системы оценки выявляет отчетливые различия в характере результатов по трем показателям оценивания. В статических расчетах DFT некоторые кандидаты демонстрируют превосходящее связывание PFAS по сравнению с эталоном Ti4O7 (Рисунок S28), причем материалы C-серии в целом обладают более сильными энергиями адсорбции. Однако включение явных эффектов растворителя в симуляции AIMD существенно меняет эти ранжирования (Рисунок S30): у большинства кандидатов снижаются значения оценок связывания из-за дестабилизирующих эффектов, опосредованных растворителем. Это расхождение подчеркивает критическую важность учета водной сольватации при оценивании эффективности катализатора в реалистичных условиях. Оценки активации связи C–F (Рисунок S29) дают дополнительные сведения о потенциале деградации. В частности, кандидаты, которые превосходят по связыванию, не обязательно обеспечивают эффективное расщепление связи C–F, поскольку эти свойства зависят от различных электронных и геометрических факторов. Тем не менее, материалы C-серии в среднем демонстрируют лучшие результаты с более низкими барьерами диссоциации F. Однако идеальный катализатор деградации должен сочетать сильную адсорбцию PFAS с эффективной активацией связей — компромисс, который количественно отражает наша многоцелeвая система оценки. Последствия для конструирования катализатора
Представленная здесь комплексная оценочная рамка показывает, что ни один из кандидатов не демонстрирует стабильно превосходство по всем показателям эффективности. Сильная поверхностная сорбция, хотя и является важной для улавливания PFAS, не гарантирует легкую активацию связи C–F. Аналогично, материалы, оптимизированные для диссоциации связей, могут страдать от слабой сорбции, особенно в водных условиях, где конкуренция со стороны растворителя является значительной. Эта многомерная картина эффективности подчеркивает необходимость сбалансированного дизайна катализатора, учитывающего как термодинамические (связывание), так и кинетические (активация связей) факторы, оцениваемые как при неявной, так и при явной сольватации, чтобы обеспечить надежные прогнозы эффективности для практических применений. Как указано в этом исследовании в сухой лаборатории, A3, B2, C3 и C4 могут быть перспективными кандидатами для дальнейшего изучения в мокрой лаборатории.
E.4 Battery Binder
E.4.1 LIB_Advanced_Binders
Для третьего применения: Battery Binder. Запрос, как показано в C, является:
Лучшее коммерческое решение: ChatGPT_o4_mini_high_DR.
Лучшее локальное решение без gpt-oss — DToR_qwq32B_local500.
Лучшая локальная gpt-oss система: DToR_gpt-oss120B_local500.
Эксперт, основываясь на двух отчетах, предоставил 4 коммерческих кандидата, полученных из DR-отчетов (A1–A4), 4 локальных кандидата, полученных из DR-отчетов без gpt-oss (B1–B4), и 4 локальных кандидата, полученных из DR-отчетов с gpt-oss (C1–C4), которые показаны на рис. S31:
Описание катода NCM811
Чтобы создать стенд для испытаний связующего вещества литий-ионных аккумуляторов, мы смоделировали обрывающуюся пластину (104) слоистого катода LiNi0.8Co0.1Mn0.1O2 (NCM811) в периодической ячейке с a = 27.67 Å, b = 25.55 Å, c = 49.47 Å и = = 90°, = 72.51° (P1). Атомная пластина простирается на 12.1 Å вдоль нормали к поверхности, оставляя 37.4 Å вакуума, чтобы подавить паразитные взаимодействия; модель содержит 732 атома (Li174 Ni129 Co21 Mn21 O387). Для структурных релаксаций мы использовали большую поверхностную ячейку в плоскости (утроенную вдоль b) и зафиксировали нижние 1/3 атомов, чтобы имитировать объемное окончание.
PVDF benchmark binder
Для бенчмарка binder мы собрали полностью транс PVDF 10‑мер (–CH2–CF2–)10, с концевыми группами H/F, предварительно релаксировали в вакууме, а затем уложили его плоско на предварительно релаксированную подложку NCM811 (104), построенную и ограниченную в соответствии с нашим скриптом для сборки поверхности. В данной конфигурации остов цепи лежит примерно параллельно поверхности (30° от оси b), при ближайшем контакте полимер–поверхность 2.0 Å, протяжённости остова в плоскости 23 Å и проецируемом отпечатке выпуклой оболочки 125 Å2; фрагмент полимера вносит C20H21F21, доводя полную модель до 794 атомов.
A1 — PVPA (после связывания адсорбированных лигандов))
Был адсорбирован 10-мер поливинил‑фосфоновый кислотный (C20H32O30P10) на поверхности пластины NCM811 (104), с использованием тех же ограничений формирования поверхности, что и для нашей базовой пластины. Толщина фрагмента пластины составляет 12.58 Å, оставляя 36.88 Å вакуума; полная система содержит 824 атома (пластина = 732; полимер = 92). Полимерный остов PVPA лежит почти параллельно поверхности ( 34° от оси b), имеет протяженность 20.59 Å в плоскости и покрывает проекционную площадь, соответствующую выпуклой оболочке, 115.09 Å2. Атомы фосфонатного кислорода приближаются к поверхностным катионам: минимальный контакт O-Li составляет 2 Å, наряду с контактами O-O образования водородной связи с кислородом поверхности на расстояниях 2.5–2.9 Å.
A2 — Alg‑Ca (после связывания сорбентом adsorbed)
Алгинатовый 5‑мер с поперечными сшивками Ca2+ (блоки G–M; карбоксилаты протонированы, кроме тех, которые координируют Ca2+) был уложен приблизительно параллельно поверхности NCM811(104) при фиксированных нижних оксидных слоях. Суммарная модель содержит 834 атома (плита = 732; связующее = 102, C30H40O31Ca). Толщина плиты составляет 12.20 Å, а вакуум — 37.27 Å. Полимерная основа выстраивается почти параллельно поверхности (24.62° отклонения от b), имеет протяжённость 17.71 Å в плоскости и демонстрирует площадь отпечатка выпуклой оболочки 92.64 Å2. Контакты на границе в основном определяются неспецифической фисорбцией (наименьшее сближение ближайших тяжёлых атомов 3.23 Å; O-O 3.31–4.17 Å), при этом Ca2+ остаётся координированным внутри цепи (наименьшее расстояние Ca–O 7.13 Å).
A3 — Сульфонил-полиимид (S-PI) (после адсорбции связующего)
Фрагмент S‑PI с тремя повторами (C42H14N6O20S3, 85 атомов) был сконструирован по мотиву имид‑диангидрид/диамино‑сульфон и объединён со стандартной плитой NCM811(104) (всего 817 атомов; плита = 732, связующее = 85). Полимер расположен параллельно поверхности, ориентирован относительно ‑оси (основной внутриплоскостной размах 25.71 Å) с проецируемой площадью следа выпуклой оболочки 152.10 Å2. Эта конфигурация представляет разнесённую опорную схему: ближайший тяжёлый атом полимера находится на расстоянии 17.42 Å над верхним слоем оксида (нет межфазных контактов; кратчайшее OO = 19.17 Å; ONi/Co/Mn = 19.75 Å).
A4 — ПТФЭ (–CF2–CF2–)10 (после того как связующий адсорбент поглотил)
Декамер перфторэтилена (C20F42, 62 атома) уложен плашмя на поверхность NCM811(104), чтобы обеспечить не вступающий в реакцию базовый связующий компонент; совокупная модель содержит 794 атома (плита = 732; полимер = 62). Толщина плитной части составляет 12.20 Å при вакууме 37.27 Å. Ось цепи лежит под углом 39.61° относительно b в плоскости ab, при главном внутриплоскостном размахе 25.14 Å и приведённой площади отпечатка выпуклой оболочки 80.55 Å2. Контакты на границе являются дисперсионными: ближайшее сближение по тяжёлым атомам составляет 2.49 Å (F-Li); кратчайшие контакты F-O_slab и F-Ni равны 2.84 Å и 3.43 Å соответственно, тогда как расстояние C-O_slab составляет 3.63 Å и ни один контакт металл–фтор не опускается ниже 2.49 Å. Эти показатели задают ориентир PTFE для последующих сравнений E_ads/A.
B1 — полимер на основе Schiff‑base (сшитый через имин полимер поли(альдегид‑амин)) (после связывания, адсорбированного на)
Фрагмент с иминной связью поли(альдегид-амин) (C40H28N4, 72 атома) адсорбирован на подложке NCM811(104); в объединенной модели содержится 804 атома (подложка = 732; связующее = 72). Оксидная часть имеет толщину 13.07 Å и вакуум 36.39 Å. Полимер лежит квазипараллельно поверхности, ориентирован на 36.97° от b в плоскости ab; его основная протяженность в плоскости составляет 34.60 Å, а проецируемая площадь выпуклой оболочки — 168.51 Å2. Контакты на границе показывают наименьшее сближение тяжелых атомов 2.57 Å (C-Li); иминный азот приближается к поверхностному кислороду на 2.35 Å, тогда как расстояния до катионных участков остаются большими (N-Li 3.68 Å; N-Ni 4.29 Å; N-Co 4.57 Å; N-Mn 4.76 Å).
B2 — лигнин + CNT (после того, как адсорбент связующего абсорбировал)
A ‑O‑4 димер лигнина был размещён на интерфейсе NCM811(104) и коразложен с сегментом кресельного (6,6) углеродного нанотрубного композита (8 осевых повторов; 192 C), ориентированного приблизительно параллельно террасе; главная ось в плоскости трубки повернута на 36.86° относительно b и имеет протяжённость 24.91 Å. Доля связующего в композите содержит C234H80O46. Оксидная доля имеет толщину 11.05 Å по нормали к поверхности и 38.42 Å вакуума, удержанного в объёме. Фенольные/эфирные кислородные атомы лигнина направлены к катион-терминированным гребням, при этом ближайшее сближение O-(Ni/Co/Mn) составляет 3.32 Å, что согласуется скорее с фисорбционными контактами типа H‑связи/ион‑диполь, чем с прямым хелатированием; CNT лежит плашмя, чтобы обеспечить протяжённый ‑контакт, с находящимся вблизи поверхности отпечатком на основе выпуклой оболочки углерода 84.71 Å2. В целом такая компоновка проверяет совместное закрепление: локализованная полярная адгезия от лигнина дополняется широкой дисперсионной связью от нанотрубки по всей террасе NCM811.
B3 — Гибрид лигнин–CMC (‑O‑4 лигнин димер + CMC мономер, Na+ обмененный) (после того как биндер адсорбировался)
Состав содержит 876 атомов (пластина = 732; связующее = 144 с C50H69O24Na1) и использует ту же платформу NCM811(104) и рецепт сборки (лигнин-димер, связанный водородной связью с CMC-единицей, карбоксилат представлен террасе). Органический комплекс лежит квази-параллельно поверхности, его главная ось в плоскости ориентирована на 38.18° относительно b, с протяжённостью остова 35.09 Å и проекционной площадью отпечатка по выпуклой оболочке 235.11 Å2. Доля оксида имеет толщину 11.09 Å с 38.38 Å вакуума вдоль c. Расстояния на подходе на границе указывают на смешанные ионные/координационные контакты: ближайшее сближение тяжёлых атомов 2.25 Å (O_binder-Li), при этом O_binder-Ni = 2.99 Å, O_binder-Co = 4.09 Å и O_binder-Mn = 4.29 Å; замещённый Na+ находится вдали от террасы (Na-O_slab = 6.80 Å). В ходе релаксаций нижняя треть атомов оксида фиксируется, чтобы смоделировать полубесконечную подложку.
B4 — поверхность ZIF-8 (Zn4(2-mim)8 cluster) (after binder adsorbed)
Мы аппроксимируем МОФ одним фрагментом грани клетки содалита — четырьмя узлами Zn, связанными восемью 2-метилимидазолатами, — так что интерфейс отбирает корректную локальную Zn–N4/-имидазолатную химию, не навязывая искусственное соответствие пор и дальнодействующие решеточные ограничения периодического ZIF на конечной оксидной подложке. Внутренняя Zn–N-сеть сохраняется близко к ее собственной геометрии за счет мягких ограничений, тогда как расслабляется только межфасадная координата; один Zn ориентируют к поверхностному кислороду, задавая начальное Zn-O равным 2.10 Å, чтобы инициировать хемосорбцию и позволить вторичным контактам N-Li/C-O_slab подстроиться вокруг него. Таким образом эта электронейтральная кольцевая структура передает короткодействующую физику связывания, которая определяет адгезию при сопоставимой стоимости с фрагментами полимера, обеспечивая справедливое ранжирование по нормированной площади энергии адсорбции E_ads/A для всех кандидатов.
С1 — олигомер поливинилового спирта (PVA)
Гибкая, водорастворимая олигомерная структура повторяющихся звеньев винилового спирта (–CH2CHOH–) с формулой C23H48O11 (11–12 повторов, подобных этиленгликолю; 82 атома). Плотные боковые группы –OH обеспечивают множество доноров/акцепторов водородных связей и основные по Льюису атомы кислорода, способные координировать катионы металлов (например, Li+), обеспечивая прочное формирование пленки и полярную адгезию поверхности при сохранении механической гибкости за счет частичной кристалличности и подвижности аморфной цепи.
C2 — гибрид CMC + водная полиуретановая дисперсия (WBPU)
Водная, взаимопроникающая сеть олигомера карбоксиметилцеллюлозы, смешанного с фрагментом мягкого сегмента WBPU (без ковалентного связывания). Представительный состав: C33H58Li5N4O23 (123 атома). CMC обеспечивает анионные участки –COO- (нейтрализованные Li+) и богатый гидроксильными группами остов для полярной адгезии; WBPU вносит доноры связей водородного взаимодействия уретановой группы –NH–CO–O– и пластичные сегменты для прочности и устойчивости к трещинообразованию. Гибрид является безрастворным (водным) и механически прочным за счёт водородного связывания и электростатических взаимодействий.
C3 — Литиированный олигомер нановолокон целлюлозы (LCNF)
Частично литированная фрагментная целлюлоза, C42H62Li8O41 (153 атома), аппроксимирующая 7 повторов глюкозы с селективной депротонизацией для формирования –O-Li+ участков (1 Li на глюкозу). Литирование вводит одиночные ионно-проводящие мотивы, сохраняя при этом часть –OH водородного связывания для механической целостности. Сеть –O-Li+ поддерживает координацию/перескоки Li+ вдоль полисахарида, потенциально снижая межфазное импеданс.
C4 — олигомер полиэтиленгликоля (PEG)
Линейный полиэфир HO–[CH2CH2O]12–H (C24H50O12; 86 атомов). Эфирные атомы кислорода обеспечивают донорно-акцепторную (по Льюису) координацию к Li+; низкое и высокая подвижность сегментов обеспечивают соответствие требованиям и ионосольватирующее/пластифицирующее поведение. PEG смешивается с карбонатными электролитами и обеспечивает широкую электрохимическую совместимость, действуя как гибкое, координирующее связующее/пластификатор на границе.
E.4.2 Характеристики адгезионного сцепления аккумуляторных бобинных связок
Механическая целостность катодов литий-ионных батарей критически зависит от прочности адгезии связующего, особенно в химически агрессивных условиях жидкой электролитной среды. Для оценки кандидатных материалов связующего, предложенных агентами DR (рисунок S31), мы применили тот же вычислительный подход, который описан для сенсоров PFAS, с энергиями связывания, нормированными по площади межфазного контакта , чтобы учесть различающиеся контуры взаимодействия полимер–катод. Площадь контакта определяли с помощью анализа выпуклой оболочки для атомов в пределах 3,5 Å от поверхности NCM811, что позволило напрямую сравнить прочность адгезии на единицу площади межфазного контакта. Статические расчеты DFT показывают благоприятную адгезию для всех кандидатов: площади-нормированные энергии связывания лежат в диапазоне от до eV/Å2 (рисунок S32). Эти значения, эквивалентные 0,24–1,78 J/m2, хорошо согласуются с установленными ориентирами для адгезии сухого интерфейса, такими как графен на SiO2 (0,45 J/m2) и контакты металл–оксид (2 J/m2). Кандидаты B4 и B1 демонстрируют наибольшую адгезию, тогда как эталонный PVDF находится в среднем диапазоне, что указывает на потенциальные улучшения по сравнению с текущими коммерческими связующими. Однако введение явного электролита батареи (EC:EMC:LiPF6 = 9:9:2:2 при 1,25 g/cm3) с помощью моделирования AIMD резко меняет картину адгезии (рисунки S33 и S34). Следуя тому же протоколу: 2 ps уравновешивания и 3 ps производственных прогонов, большинство кандидатов демонстрируют отрицательные -значения, указывая на то, что разделенный, смачиваемый электролитом интерфейс становится энергетически выгоднее связанного состояния. Эта индукцированная растворителем реверсия адгезии отражает конкурирующую адсорбцию молекул электролита на границе связующее–катод, нарушающую прямые взаимодействия полимер–поверхность. Выделяются четыре исключения в этом тренде: кандидаты A3 (сульфонил–полиимид), B2 (лигнин + CNT), C1 (PVA) и C2 (CMC + WBPU) сохраняют положительные даже при явном электролите, что указывает на устойчивую смачиваемую адгезию несмотря на наличие растворителя и скученность ионов в первом слое. Механистически S-PI (A3) содержит плотные имидные карбонилы и сульфоновые диполи, которые поддерживают контакты, соединенные Li+ и многодентатные, при этом ароматический остов обеспечивает широкие дисперсионные контакты; композит лигнин+CNT (B2) сочетает доноры фенольных/эфирных групп (ион–диполь/Н-связывание) с большим по площади интерфейсом CNT , помогающим компенсировать штрафы за вытеснение растворителя; PVA (C1) вносит высокую плотность гидроксильных групп, позволяющих многодентатное Н-связывание и координацию, опосредованную Li+, к поверхностным центрам при достаточной гибкости цепи, чтобы поддерживать конформный контакт; а гибрид CMC+WBPU (C2) объединяет адгезию внутреннесферного/ионно-парного типа от карбоксилатов CMC (OLi/TM) с уретановым Н-связыванием и локальным исключением растворителя мягкими сегментами WBPU. Оценка эффективности, нормированная относительно базового уровня PVDF (рисунки S35 и 6), количественно описывает эту перестройку мокрого интерфейса: кандидаты, оптимизированные для сухой адгезии, могут демонстрировать худшие результаты в условиях рабочего электролита, тогда как другие показывают неожиданную совместимость. Эти результаты подчеркивают необходимость явного учета растворителя и расчетов с контролем потенциала при отборе связующих: поскольку межфазная энергетика в жидких электролитах определяется послойной структурой растворителя, скученностью ионов и потенциал-зависимой десольватацией, которые вакуумные или модели с неявным растворителем не могут корректно воспроизвести.
E.5 OER Stability
E.5.1 OER_Устойчивые_к_сточным_водам_коты
Для четвертого применения: устойчивость OER. Запрос, как показано в C,: